医疗机构分类管理政策实施后，国家根据医疗机构的性质、资本结构、社会职能及其承担的任务，制定并实施不同的财政税收政策。从本质上看医疗卫生行业具备一定的特殊性，在很大程度上具有福利和公益的特征，与人民群众的健康幸福密切相关，决定了医疗机构在市场经济环境中不可能、也不允许以追求经济效益的最大化为目的。政府财政对非营利性医疗机构的税收优惠政策还将继续存在。但是许多医疗机构却通过申请为非营利性医疗机构来赚取大量利润。而且营利性医疗机构如民营医院的却由于差别性的税收政策，不能和非营利性医疗机构公平竞争，这违背了市场法则和税收公平法则。为此，有必要在医疗卫生事业发展和现行税制的大背景下，重新审视我国医疗机构税收相关政策，研究凸显的各种新问题、新情况，进一步逐步规范和加强医疗机构管理，建立更加健全、完善的医疗卫生服务体系，为百姓提供更优质的医疗服务。通过对医疗机构的研究，从理论上探寻促进医疗机构发展，以及如何利用税收杠杆支持其发展，以弥补该领域研究的不足。通过进一步细化研究非营利医疗机构的定义，使之更具有可操作化的内容，供立法者在制定医疗机构税收政策时作为参考。　　本文将规范研究与实证相结合，文献法和比较法为辅的研究方法，对现阶段我国医疗机构尤其是非营利医疗机构的税收优惠政策及其实施问题进行了较为系统、深入的审视和探讨。本文除第一章绪论外，由4个部分构成。第1部分，从医疗机构职能和类型、课税原则及税收优惠政策等三方面做了相关理论阐述;第2部分，本文对医疗机构税收政策历史演变和现阶段我国医疗机构税收政策及其实施状况进行了审视;第3部分，主要以美国的医疗机构税收制度为例做了比较分析并进行了相关借鉴;第4部分，完善和优化我国医疗机构税收优惠政策及其实施的对策探讨。本文的创新之处主要表现为提出一些具有创意的、针对性强的见解和主张，如文中提出的建立科学的认证标准体系、提高立法层次、推行普遍而简易的非营利医疗机构税务登记制度、统一非营利医疗机构票证管理等。