20世纪90年代以来,在区域经济一体化、信息网络化和城市国际化的时代背景下,加之现代社会的高度流动性,各类复杂的速变的相互纠葛的公共事务倍增。各种公共问题也不仅局限于单一行政区划内而是跨越行政区划界限成为区域性议题。传统分割的行政区域已经逐渐难以应对区域发展面临的重大挑战。作为理性经济人的各地方政府,在面对环境污染的治理时,基于自身利益的考虑,自行其是、以邻为壑,经常出现相互推诿扯皮的现象。加之环境污染的治理具有典型的公共性、外部性与整体性的特征,很难以省市界,县区界划分,而是区域性的。在跨区域环境污染的治理中,面对着区域环境的整体性与属地行政区划的碎片化的矛盾。经济联系的日益紧密,区域一体化增强,环境问题的区域性、复杂性和整体性交错发展的背景下,地方政府间应该形成纵横交错的公共事务协作网络,需要从“分界而治”走向多元化、协同性的伙伴合作。在整体性治理的理论上,本文分析了跨区域环境污染治理中地方政府合作的现状及困境。在深入剖析此种困境形成原因的基础上,探讨了政府整体性合作治理跨区域环境污染的策略与路径。首先,本文应用公用地悲剧、整体性治理理论等理论工具,为全文的研究提供理论指导。其次,分析跨区域环境污染治理中地方政府的合作困境。接着,从治理理念、管理体制和运行机制三方面,对地方政府合作的困境剖析其深层诱因。最后,依据整体性治理理论,提出地方政府整体性合作治理的策略。