一直以来,铁路运输法院因为一直作为企业自己的法院就饱受诟病,铁路运输法院在2012年6月脱离铁路企业的管理,全面划入国家司法体系,众多学者、律师、法官也因为其主体身份不明,司法公信力缺失等问题认为应予撤销。2016年6月3日,最高人民法院在广州召开了关于设立跨行政区划法院改革调研座谈会,会上其中一个讨论议题就是“未来是否保留铁路运输法院建制”。由此可以看出铁路运输法院是否撤销是全国正在讨论的一个问题。现阶段,党的十八大四中全会提出要以铁路运输法院为依托建立跨行政区划法院,全国铁路运输法院都在积极探索怎样改革成跨行政区划法院,故现研究铁路运输法院的改革问题对其未来的改革发展有重要意义。本文在第一部分中介绍了铁路运输法院的发展历程和基本概况；第二部分分析铁路运输法院存在的各种问题,笔者从设置功能、立法、司法、实际操作四个方面分析,通过数据展现、引入实际案例论证铁路运输法院存在的弊端；由此引出第三部分的铁路运输法院是否应该存在这个问题的争论,并介绍了铁路运输法院保留或是撤销的理由,在这里笔者提出了自己的意见建议撤销铁路运输法院,同时在这部分论述了现阶段党中央为什么没有撤销铁路运输法院,而将其改造为跨行政区划法院,并介绍全国铁路运输法院的改革实践,分析三种改革模式的优缺点；第四部分,笔者针对全国铁路运输法院的改革实践,提出针对改革为跨行政区划法院发展的提供了参考意见。