盾纤类与咽膜类纤毛虫均为种类数量众多、分布极其广泛、普遍具有嗜污食性、在水环境生态学、水产养殖病害学、污水处理等方面起重要作用的纤毛虫类群。但迄今为止两类群的整体多样性仍不完全清楚，且大部分种类的鉴定严重依赖银染后得到的纤毛图式及银线系等特征，该两大类群长期以来在种类鉴定和类群划分等方面存在大量混乱和错误，大量种类亟待重新研究。故结合现代活体观察和银染技术、细胞发育与分化研究以及分子生物学手段，对盾纤亚纲和咽膜亚纲纤毛虫进行全面、深入的研究，具有承前启后的重要意义:在查漏补缺的同时，亦对两类群生物多样性的探究做出一定贡献。　　作者于2009至2012年期间，在国家自然科学基金重点项目的资助下，在山东及广东沿海的潮间带沙滩、养殖水域及排污口，和广东沿海的河口湿地、红树林及沙滩的海水、半咸水和淡水等不同生境，进行了盾纤亚纲和咽膜亚纲纤毛虫的区系调查和物种多样性研究。共发现、鉴定盾纤亚纲和咽膜亚纲纤毛虫30种，建立了若干新阶元，并对已知种进行新种群的细致描述;对比并总结盾纤类不同科属的形态发生模式，探讨其亲缘关系;丰富所涉及类群核糖体小亚基SSUrRNA基因序列，探讨重要类群的系统地位和亲缘关系。主要成果包括:　　一、形态分类学部分:　　1.拟异阿脑虫属Paramesanophrys nov.gen.，其口侧膜与小膜的相对位置较为独特且与异阿脑虫属相对接近，故建立名为“拟异阿脑虫属”的新属。该属归入嗜污科，定义为:长条形至纺锤形，前端尖，后端略圆且尾中部外廓向内显著凹陷;小膜1双列，小膜2和小膜3三列，口侧膜前端起于小膜3末端;海洋生。　　2.对小尾丝虫属的重定义:基于前人对小尾丝虫属的定义以及作者在中华小尾丝虫Uronemella sinensis Pan et al.，2013上发现的若干重要形态学特征，给出小尾丝虫属的新定义:虫体通常长椭圆形或倒梨形，虫体前端形成明显顶区;口区约占体长三分之二;小膜1单列，小膜2和小膜3两列，口侧膜前端起于小膜2的右中部;体动基列为混合式:含单动基系和双动基系;海洋生。　　3.建立了八个新种:作者在广泛而全面的纤毛虫区系调查中，通过准确的物种鉴定和与已知种的比较，共建立八个新种，进一步丰富了盾纤类及咽膜类的物种多样性。新种包括:盾纤类六种，东方后阿脑虫、中华小尾丝虫、优雅帆口虫、中华污栖虫、东方尾丝虫、典型拟异阿脑虫;咽膜类两种，亚热带前口虫、广东前口虫。　　4.对22个已知种完成了重描述:1）对已知但长期模糊不清的种类进行详细的重新描述并提供新定义;2）基于新种群发现的新特征，对已知种提供补足性定义。其中包含首次发现于国内的纤毛虫四种:普氏帆口虫、加拿大前口虫、眼点前口虫、塞弗前口虫;区域新种群14种:柔枝帆口虫、冠帆口虫、哈氏伪康纤虫、蠕形康纤虫、长拟尾丝虫、弗州拟尾丝虫、海洋尾丝虫、丝状小尾丝虫、三膜拟瞬膜虫、蟹栖异阿脑虫、中华后阿脑虫、相似后阿脑虫、巨大前口虫、特氏前口虫。　　二、细胞发生学部分:　　对两种盾纤类长拟尾丝虫和水滴伪康纤虫的口器发生模式进行详细跟踪报道和模式探究，结合前人报道，对拟尾丝虫属和伪康纤虫属的发生模式进行补足和修正;并基于前人工作和作者现今工作，对盾纤亚纲11属的口器发生模式进行对比、归类和总结，为后人探讨、研究盾纤类单元间亲缘关系做出贡献。　　三、系统学部分:　　结合核糖体小亚基SSU rRNA基因测序、序列分析和建立系统树等方法，对东方后阿脑虫、中华小尾丝虫、优雅帆口虫、中华污栖虫、东方尾丝虫、亚热带前口虫、普氏帆口虫、加拿大前口虫、眼点前口虫、柔枝帆口虫、格罗利帆口虫、巨大前口虫等种类的系统地位进行了分析，辅助形态学特征信息，拓展了对以上种类研究的全面性。并探讨了小尾丝虫属、帆口虫属、污栖虫属、尾丝虫属、前口虫属的系统地位以及和它属的亲缘关系。