【摘 要】
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环状RNA是一类在反向剪切过程中形成的两端共价相连的RNA分子,广泛存在于生物体内,具备多种生物学功能,已经成为生物医学的研究热点。独特的环状结构使得环状RNA缺少5’帽子结构和3’多聚腺苷酸尾巴结构,从而无法通过经典的帽子依赖途径翻译蛋白,因此曾被归类为非编码RNA。然而,最新研究发现环状RNA可以通过非经典的非帽子依赖途径发挥翻译功能。互补内含子序列所介导的环状RNA过表达系统是目前最常使用的
【基金项目】
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国家自然科学基金面上项目(编号:81874249);
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环状RNA是一类在反向剪切过程中形成的两端共价相连的RNA分子,广泛存在于生物体内,具备多种生物学功能,已经成为生物医学的研究热点。独特的环状结构使得环状RNA缺少5’帽子结构和3’多聚腺苷酸尾巴结构,从而无法通过经典的帽子依赖途径翻译蛋白,因此曾被归类为非编码RNA。然而,最新研究发现环状RNA可以通过非经典的非帽子依赖途径发挥翻译功能。互补内含子序列所介导的环状RNA过表达系统是目前最常使用的环状RNA研究方法之一,然而近年此类过表达系统因其未知的分子机理且常伴有RNA副产物而受到诟病。环状RNA过表达系统副产物的负面影响研究都集中在转录水平,其翻译水平的影响存在巨大的研究空白。本次研究[1]中,我们利用该类环状RNA过表达系统,在HEK293T细胞系中探究了30个包含无限开放阅读框的人源环状RNA分子的蛋白质翻译潜能。通过免疫印迹实验,我们发现过表达的环状RNA存在非常广泛的翻译信号。但是在随后的定点突变实验中,我们确证了大量的环状RNA翻译信号并非由环状RNA产生——相当一部分翻译假信号(噪音)不依赖于环状RNA的产生。由于翻译信号和噪音共用大部分的基因和蛋白序列,二者的区分十分困难。我们进一步在过表达质粒基础上开发了“双标签报道系统”成功分离出翻译噪音,直接证明了假信号来源于过表达过程隐匿剪切而形成的线性RNA副产物。这些副产物可包含与环状RNA相同的反向剪切接口(BSJ),从而能够干扰基于BSJ的环状RNA翻译研究。同时,线性RNA副产物中可能含有外显子串联体,即多个相同的外显子序列串联为一个RNA分子。我们证明了这种RNA副产物可产生虚假的滚环翻译信号,而滚环翻译现象一度被视为环状RNA的标志性产物。另外,我们意外发现,ATG之外的非经典起始密码子可以起始环状RNA的翻译。综上所述,我们对于过表达环状RNA翻译潜能的系统探究揭示了这一广泛使用的研究技术伴随大量异源翻译产物,并首次提供了直接的生化证据,未来基于环状RNA过表达载体的翻译和功能研究需要严格的参照实验以规避副产物的影响。
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