长三角地区是中国综合实力最强的经济中心，但要获得持续经济增长动力和区域整体竞争优势，目前其经济发展方式与经济结构面临着转型，走自主创新之路是长三角的必然选择。本文正是在这一背景下围绕如何通过构建区域研发联盟推动区域层面的合作创新进而实现自主创新展开论述。　　 通过对自主创新概念的辨析，论述了开展合作创新与自主创新的宗旨并不违背，恰恰是实现这一战略目标的有效方式，走自主创新之路是长三角经济转型的必然选择。长三角地区拥有开展区域合作创新的雄厚条件，但并未加以充分利用，有效整合本土研发资源，构建以企业为主体的长三角区域研发联盟，是获得持续创新能力和区域整体竞争优势的关键环节，也是推动长三角地区经济转型的一条积极可行的战略选择。　　 目前长三角地区开展区域合作创新仍是以政府主导，选取若干高技术课题或共性技术开展项目联合攻关的“区域统治型”模式为主。高校和政府科研机构是这种模式下创新的主体，企业的创新资源不能得到有效利用。借鉴Jaffe提出的地理一致性指数的概念，对长三角地区合作创新的技术外溢进行了实证，结果表明当前的模式下，区域合作创新并未给区域内各主体都带来正的技术外溢。各区域主体在合作创新中依然存在利益竞争，需要有效的协调机制。因此，在区域研发联盟的构建中，应从传统的“区域统治型”模式转向“区域网络型”模式，区域研发联盟创新的主要方向应是追求可以真正获得市场价值的成果，企业才是联盟的主导力量，政府在联盟中的角色是引导者、服务者和统筹者，着力打造优质的区域创新环境；同时为了保障合作创新规划的有效实施，提高区域协调的有效性，必须建立具有实质性能力的“超省区级别”的协调与监督机构，实现区域间的战略协同。　　 在对长三角区域研发联盟模式选择分析的基础上，对联盟运行方式进行了概括分析，以美国半导体制造技术研发联盟（SEMATECH）为例进行了案例分析，认为其在组织定位、研究内容的选择、与科技界的合作、组织结构上均有可取之处，提出了对长三角区域研发联盟运作的几点借鉴意义。