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本研究采用生物信息学技术和FIASCO(Fast Isolation bv AFLP Sequences Containing repeats)法开发鳜鱼微卫星标记，并根据自行分离的鳜鱼微卫星序列设计20对引物，以鳜属鱼类4个物种翘嘴鳜、大眼鳜、斑鳜和暗鳜共80个个体为试验材料进行遗传多样性分析。实验结果如下：1、采用生物信息学技术从鳜鱼GenBank数据库中的304条核酸序列筛选获得6个高度多态性微卫星标记，其多态信息含量(PIC)在0.567～0.806之间，平均多态信息含量为0.692。2、采用FIASCO法首次成功构建鳜鱼基因组微卫星富集文库。随机挑取其中100个阳性克隆进行测序，60个(60％)含有微卫星序列(GenBank登录号：DQ789247～DQ789306)。成功设计了47对鳜鱼微卫星引物，随机合成其中21对引物进行PCR扩增，筛选获得18个多态性微卫星标记，预期基因杂合度在0.3556～0.9111之间，表明FIASCO法能有效提高筛选微卫星标记的效率。3、根据自行分离的鳜鱼微卫星序列(GenBank登录号：DQ789247～DQ789306)设计并合成20对微卫星引物，对鳜属鱼类4个物种翘嘴鳜、大眼鳜、斑鳜和暗鳜共80个个体进行遗传多样性分析，结果显示：20对微卫星引物在4个物种中的多态性位点百分率分别为90％、75％、85％和85％，累积个体识别率和非父排除率均达到0.9999，属于高识别力的微卫星标记系统；UPGMA聚类分析表明，翘嘴鳜与暗鳜之间亲缘关系最近，可归属于第Ⅰ类，大眼鳜为第Ⅱ类，斑鳜独自为第Ⅲ类。综上所述，本研究开发的鳜鱼微卫星标记可以用于鳜属鱼类的分类及进化研究、遗传背景分析和遗传连锁图谱构建，并将为其基因组结构分析、标记辅助育种以及数量性状位点(QTL)基因的定位等研究提供候选微卫星标记。