技术创新与经济增长的长久性密不可分，有时甚至是最主要因素。而对于市场结构与技术创新之间的相互作用关系一直有极大争论。熊彼得假说认为垄断在很多情况下更有效率，比竞争更利于激发创新行为。而阿罗认为完全竞争优于其他市场，更有利于技术创新的发生。近年来的学者研究结果显示，隐藏的假设条件限制了推断的范围。现代的新产业组织理论和内生增长理论表明不同的假设条件，不同的行业，不同的制度似乎结论均不相同。对此命题的研究呈现从以偏概全的理论统一化分析到具体条件下分析的转变，现在又出现较为抽象化的回归分析。本文在理论上对两者关系进行梳理，对企业市场结构与创新绩效的各项要素和微观作用机制进行了分析，并综合加总成产业层面的相互关系。通过我国高新技术产业的实际数据来分析具体的市场结构和技术创新现状。在此基础上引申出市场结构及其相关因素与技术创新的联立方程，检验其可能有的联合内生关系。在此基础上提出有利的产业政策和制度改革，为实现我国新一轮技术自主创新推动下的经济增长提供建议。首先，理论分析了市场结构与技术创新的关系。分别从熊彼得假设发展体系和创新过程两个方面，对国外关于市场结构与技术创新的经典理论进行了评述。从不同产权的角度和不同竞争程度的角度对国内的文献进行分析。然后对我国高新技术产业现状进行分析比较。对市场结构相关衡量指标进行阐述，并在此基础上对我国高新技术产业的市场结构进行分析。通过对统计年鉴《高新技术产业统计年鉴》等的数据分析，对其产业规模、市场结构基本情况进行比较，并计算出2009年的集中度比率数进行分析。随后分析了衡量技术创新的指标，同样利用年鉴数据，对我国高新技术产业从2003年到2009年的R&D投入、产出等进行比较。并对我国高新技术产业的整体情况及不足原因进行简单阐述。其次，对我国高新技术产业的市场结构和技术创新的联合内生关系进行了实证分析。先对建立模型的市场结构和技术创新的双向作用微观机制进行了简要阐述。主要分析了不同的市场形态和不同企业规模对技术创新表现的影响。而对于技术创新对市场结构的影响是从其对构成要素的作用上进行衡量的，如市场集中度、产品差异度和壁垒等。然后选用我国高新产业面板数据进行联立方程模型回归。选用了三阶段最小二乘法进行系统估算，得出两者存在联合内生关系的结论，并与单方程的回归结果做了简单对比。最后对经验研究结果进行分析得出以下结论：市场结构与技术创新存在联合内生关系。市场的集中度对创新存在负向影响，即有效竞争有利于创新激励。而技术创新对市场集中度也呈现显著的负向影响。而市场规模与技术创新是双向正相关的，产权结构对创新的影响却是负向的。市场规模大的产业说明其市场绩效良好，市场行为更积极有效，对于技术创新的追逐也是积极的。通过理论和实证分析得出相关政策启示：第一，自主创新应该与技术引进相结合，才能真正提高我国技术创新的活力。第二，扶植产业内技术创新优势企业，并鼓励中小企业进入市场。现有政策以支持技术创新优势企业为寡头来带领技术创新方向，但同时需要充分重视间接引导的适度竞争的市场环境。竞争对于创新的正向影响应重视，不能盲目扶持垄断。第三，知识产权体系的完善能激发技术创新动力和提高产出效率。高新产业的技术创新溢出效应明显，会导致创新动力不足，所以健全的知识产权体系至关重要。