目前我国事业单位总数将近140万，其从业人员数量接近4000万人，仅次于企业，是我国第二大社会组织。可见事业单位在我国经济社会发展中占有重要地位。江西省科研事业单位绩效工资改革是从2010年1月1日正式开始实施的，但是由于在绩效工资改革方面缺乏经验，没有一个标准的的执行细则和规范，江西省科研事业单位绩效工资改革在推行过程当中遇到了许多问题和困难。本文以江西省Y院绩效工资制度改革为例，分析了江西省科研事业单位绩效工资改革存在的问题：一是现有考核体系不完善；二是相关配套改革不完善；三是职工对绩效工资改革认识不足。为了进一步推进江西省科研事业单位绩效工资制度改革，本文对现有问题进行了一一分析并提出解决方案：从主观角度出发，改变思想，用科学的方法武装头脑，正确理解绩效工资改革；从客观出发，建立科学的绩效考核体系，建立健全的管理和监督体系，完善岗位设置，加大绩效工资激励制度的宣传。