传统的行政管理模式以专业化分工为核心,保证了上级指挥命令的统一执行,有利于政府日常行政业务的管理。然而随着时代的发展,跨部门、跨领域合作的专项事务越来越多,而当前大多政府部门仍沿用传统管理模式来处理专项事务,造成部门间相互扯皮、信息难沟通等诸多弊端不断涌现。强调专业化分工、只对部门日常业务负责的行政管理模式越来越难以应对跨越部门边界的专项事务,针对专项事务的处理模式亟待建立。“GMS便利运输协定”的实施属于典型的政府专项事务管理范畴,因此,本文以“GMS便利运输协定”为出发点,通过对“GMS便利运输协定”实施中云南政府跨部门协同管理问题的研究来探索我国政府跨部门协同管理机制的建设。首先,论文综述了政府跨部门协同管理的动力理论、结构理论和过程理论等,并对有关政府跨部门协同管理评价和熵权物元分析法的应用进行了综述。其次,通过实地访谈的方式对“GMS便利运输协定”实施中云南政府跨部门的合作现状进行调查分析,总结了其存在的主要问题。第三,以协同管理相关理论为指导,对“GMS便利运输协定”实施中云南政府跨部门协同管理的主要影响因素、影响路径、影响机理进行了分析和研究。第四,建立了“GMS便利运输协定”实施中云南政府跨部门协同管理评价指标体系,应用熵权物元分析法构建了政府跨部门协同管理的评价模型,对“GMS便利运输协定”实施中云南政府跨部门协同管理水平进行定量评价。最后,结合上述研究,论文对当前“GMS便利运输协定”实施中云南政府跨部门协同管理水平低下的原因作出分类分析,在此基础上,以协同管理思想为指导,提出旨在提升“GMS便利运输协定”实施中政府跨部门协同管理水平的相关建议。上述研究一定程度上丰富了我国政府跨部门合作的相关理论,将跨部门协同管理的评价推进到定量化研究层次,研究结论可供“云南省便利运输委员会办公室”及实施“GMS便利运输协定”的各级政府主管部门决策时参考。