本研究以20世纪50年代我国开展抗病育种研究以来培育的143份品种和14份国外品种为材料，在河北农业大学田间病圃进行枯、黄萎病抗性鉴定，分析抗枯、黄萎病品种的病情指数变化规律。在鉴定结果的基础上，根据抗性表现、育成年代、推广面积和育成省份，选用117份抗病品种(105份国内品种和12份国外品种)进行品种AFLP指纹图谱的构建，并利用20份抗病品种的原始种、自交一代、自交二代研究指纹图谱的稳定性。获得主要结果如下： 1．对157份材料的田间病圃鉴定结果表明，对枯萎病的抗性，有43个品种表现高抗(27.4％)；61个品种表现抗病(38.9％)；41个品种表现耐病(26.1％)；12个品种表现感病(7.6％)。对黄萎病鉴定结果，未发现对黄萎病表现免疫的品种，仅有2个国外品种表现高抗(1.3％)；67个品种表现抗病(42.7％)；73个品种表现耐病(46.5％)；15个品种表现感病(9.5％)。不同年代育成品种的抗枯萎病病情指数演变规律表现为，20世纪60年代以后培育的品种枯萎病病情指数一直较低(＜10.0)，即不同年代培育的品种对枯萎病的抗性保持较好，但不同年代育成品种的抗黄萎病病情指数演变规律为，20世纪60年代到80年代培育的品种黄萎病病情指数呈下降趋势，20世纪90年代培育的品种病情指数又有回升。 2．不同抗黄萎病品种的病情指数(DI)变化规律不同，可以分为三种类型，即单峰型、平缓型和双峰型。单峰型品种的病情指数变化规律为，6月下旬到7月底病情指数较小，进入8月上旬后病情指数迅速升高，到8月下旬达最高值。平缓型品种的病情指数从6月下旬到8月底，品种病情指数变化不大，呈比较平稳的趋势。双峰型品种的病情指数变化规律为：6月下旬和8月下旬病情指数最高，而7月中旬到8月上旬病情指数较低。 3．通过对影响AFLP技术关键因素的摸索，建立了新的适于棉花品种指纹图谱构建的AFLP标准技术体系。优化因素包括：模板用量(450ng)、酶切时间(2hr)、内切酶用量(各3units)、连接产物的稀释倍数(稀释10倍)、预扩增产物的稀释倍数(稀释10倍)。 4．利用10个品种，从100对AFLP引物组合中筛选出20对多态性引物用于棉花抗病品种指纹图谱的构建。49个品种具有特异带，占供试品种数的41.88％，其中海岛棉Pima90－53在除E38／M50和E40／M62外的18对引物中，均具有特异带。在20对引物中，每对引物可鉴别的品种数目不同，没有一对引物可以将所有品种区分开。20对引物可以将94个品种（包括12个国外品种）鉴别出来。基于AFLPs多态性数据的聚类结果表明。海岛棉品种与陆地棉品种的遗传差异较大，而陆地棉品种间的遗传差异较小，品种间类群的划分与系谱和地理来源不能统一起来。长江、黄河流域两大棉区品种的遗传多样性水平相近。 5．利用20份材料的原始种、自交一代和自交二代共3年的材料，用8对引物组合对AFLP指纹图谱的稳定性进行了研究，结果证明用AFLP技术构建的棉花指纹图谱是可行的。 6．初步构建了含有26份棉花抗病品种的核心种质库。