棉花黄萎病是由大丽轮枝菌(Verticillium dahliae)引起的土传性真菌病害,严重影响国内外棉花生产可持续发展。防治棉花黄萎病的方法尤属培育抗病品种,但由于缺乏有效的抗病源材料,从而限制了抗黄萎病棉花品种选育速度。为了解析棉花与病原菌互作机理、病原菌致病机制以及病原菌致病过程而更好的培育抗病品种等一系列问题,明确棉花次生代谢产物及其在棉花抗病中的作用是相关重要工作之一。为此,本研究以陆地棉90472-4棉花品种为研究材料,着重在与病原菌互作过程中,该品种的次生代谢产物表达水平、时空动态变化等方面开展研究,以期明确与棉花黄萎病发生相关的重要次生代谢产物,确定重要生物标志物,为进一步研究这些物质的代谢途径和抗棉花黄萎病的生物标记提供科学依据。主要研究结果如下:1.建立了棉花次生代谢产物的液相色谱分离条件和飞行时间质谱检测条件,完成对棉苗18个样品检测,棉苗根部检测到2466个正离子代谢产物,3371个负离子代谢产物,茎部检测到1823个正离子代谢产物,3721个负离子代谢产物,叶部检测到2084个正离子代谢产物,2588个负离子代谢产物。2.建立了包括有机酸类、酮类、萜烯类、酚类、糖类和醛类共6类16种棉花代谢产物标准品的超高效液相色谱-四级杆-飞行时间质谱UPLC-Triple TOF-MS/MS的标准品谱库。3.通过统计学方法处理数据并对各代谢产物同一品种不同处理间差异进行了分析,获得3208个重要差异代谢产物,进一步通过标准品谱库检索,确定一些差异代谢产物属于棉酚、蜜二糖及紫云英苷。