跨流域调水工程实施过程中受水区与调水区关于补偿费用的矛盾非常突出已成为影响工程顺利推进的关键因素之一。本文从法律法规对水权转移的规定、水资源的价值内涵和跨流域调水工程的外部性分析等方面论述了对调水区进行补偿的合理性并提出补偿费用主要包括水资源的使用价值补偿和生态环境保护补偿两方面。本文运用支付意愿法、效益价值法对朱溪水库的水资源使用价值进行计算。计算结果表明该价值介于0.67-0.87元／立方米之间。同时结合浙江水权市场的实践本文提出水资源使用价值补偿的三种模式。本文运用生态服务价值法、机会成本法计算了朱溪水库水源涵养林的生态保护补偿费用每年的补偿费用约为1100万元左右。本研究可为调水区、受水区协商确定补偿费用提供决策依据对推进朱溪水库建设以及我省其他跨流域调水工程的顺利实施具有良好的理论指导作用和较强的现实意义。