野生二粒小麦(Triticum dicoccoides L.,2n=4x=28,AABB),是普通小麦(Triticum aestivum L.,2n=6x=42,AABBDD)A、B染色体组的供体种,是普通小麦改良的优质基因资源。为了更好地利用野生二粒小麦的基因资源,本研究探讨了野生二粒小麦种内的遗传分化情况,以及A、B基因组的进化速率,并通过选择信号检测发现了两个在野生二粒小麦驯化过程中受到显著选择的SNP位点,同时依据小麦55k芯片的分型结果,对121份野生二粒小麦的粒长、粒宽、百粒重、穗长、可育小穗数、株高等产量相关性状进行了全基因组关联分析,并利用小麦自然群体对籽粒性状进行了验证并进行了基因功能预测。主要结果如下:(1)构建了以121份野生二粒小麦核基因组为基础的系统进化树,以及以野生二粒小麦,栽培二粒小麦、普通小麦核基因组为基础的系统进化树,发现野生二粒小麦间有明显分化,并发现了两份野生二粒小麦材料与硬粒小麦分化程度较低,亲缘关系较近。(2)对野生二粒小麦的A、B染色体组分别进行了主成分分析与群体结构分析,并构建了系统进化树,研究表明,野生二粒小麦A基因组在各层次下的分组清晰且稳定,而B基因组的分类混杂,且野生二粒小麦A基因组与B基因组均发生了明显的分化。野生二粒小麦与普通小麦B基因组间的分化程度大于野生二粒小麦与普通小麦A基因组间的分化程度,这暗示了普通小麦B基因组进化速度快于A染色体组。(3)对121份野生二粒小麦的10424个SNP标记进行选择信号分析,筛选出了两个受到显著选择的位点,分别为AX-108884190与AX-109867478,在该位点1Mb范围内发现了Traes CS6A01G327700基因与Traes CS2A01G136700基因,二者均编码DNAJ蛋白,表明这两个位点可能与小麦环境适应的适应力有关。(4)对野生二粒小麦株高、穗长、可育小穗数、粒长、粒宽、百粒重共6个产量相关性状考察分析,结果表明:在3个地点的6个产量性状间均存在广泛的表型变异。6个性状间的关联分析表明,粒长与粒宽在0.01水平呈显著正相关,与百粒重在0.01水平上呈显著正相关,与穗长与可育小穗数在0.01水平上呈显著负相关。粒宽与百粒重、株高在0.01水平上呈显著正相关,与可育小穗数在0.05水平上呈显著负相关,百粒重与穗长在0.05水平上呈显著负相关,与可育小穗数在0.01水平上呈显著负相关,株高与穗长,可育小穗数在0.01水平上呈显著正相关,穗长与可育小穗数呈显著正相关。(5)基于小麦55K SNP芯片中来自A、B染色体组上的10424个高质量的多态性SNP标记,对121份野生二粒小麦的产量进行全基因组关联分析,共鉴定出110个与野生二粒小麦农艺性状显著相关稳定位点。其中控制粒长的显著标记共7个,分布在1A、2A、3A、5A、7A、7B染色体上。控制粒宽的显著位点共67个,在除4B、5B外的染色体上均有分布,控制百粒重的位点共有15个。控制穗长的显著标记共有9个,分布在2A、5A、6A,2B、4B、6B染色体上这些位点中有7个与他人已发表的位点接近。在控制籽粒性状的稳定位点中,有10个在普通小麦群体中得到了验证,其中控制粒宽的位点共8个,控制百粒重与粒长的位点各1个。对验证过的籽粒性状相关位点、株高、穗部相关性状的位点进行了候选基因功能预测,根据功能注释,这些位点可能与泛素连接酶、细胞色素、植物激素有关。