论文部分内容阅读
目的:探讨长链非编码(long-noncoding RNA,lnc RNA)CCAT2和LSINCT5在乳腺癌患者血清中表达情况及其临床应用价值;利用生物信息学对CCAT2和LSINCT5靶基因进行预测和分析,探讨CCAT2和LSINCT5靶基因潜在功能和通路。方法:分别搜集90例初诊乳腺癌患者、88例乳腺良性疾病患者和94例健康体检者血清标本,用定量反转录聚合酶连锁反应(quantificational real-time polymerase chain reaction,q RT-PCR)的方法检测血清CCAT2和LSINCT5的表达量并分析其与临床特征相关性。用化学发光检测乳腺癌TNM分期为I、II期的患者血清中糖类抗原15-3(carbohydrate antigen 15-3,CA15-3)和癌胚抗原(carcinoembryonic antigen,CEA)的表达水平,并用受试者工作曲线(Receiver-operator characteristic,ROC)对这些指标单独和组合后的诊断价值进行分析。再用q RT-PCR检测35对乳腺癌患者术前和术后血清中CCAT2和LSINCT5的表达水平,分析其对乳腺癌病灶的监控价值。用多种方法对CCAT2和LSINCT5靶基因进行预测,使用DAVID数据库对靶基因进行GO注释、KEGG通路分析及蛋白互作网络分析,筛选关键靶基因。结果:CCAT2(P=0.001)和LSINCT5(P=0.005)在乳腺癌血清中存在过表达。临床病理特征分析显示:血清CCAT2表达水平与患者TNM分期、淋巴结转移和孕激素受体(progesterone receptor,PR)相关(P<0.05),与年龄、病理类型、雌激素受体(Estrogen Receptor,ER)、人类表皮生长因子受体2(human epidermalgrowth factor receptor-2,Her2)和Ki-67核抗原(Ki-67 nuclear antigen,Ki-67)无相关性(P>0.05),而血清LSINCT5表达水平与患者TNM分期、淋巴结转移、PR、和Ki-67有关(P<0.05),与年龄、病理类型、ER和Her2无相关性(P>0.05)。以正常人作为对照组,单个血清指标诊断时,CCAT2的诊断价值(AUC=0.78,灵敏度=0.632,特异性=0.882)明显大于LSINCT5、CA15-3和CEA。组合诊断时,四个指标组合诊断效能最优(AUC=0.83,灵敏度=0.691,特异度=0.927)。以乳腺良性疾病作为对照组,血清CCAT2的诊断效能明显大于LSINCT5(AUC=0.77,灵敏度=0.588,特异度=0.912)。乳腺癌患者术后血清CCAT2(P=0.002)和LSINCT5(P=0.005)表达水平较术前均明显降低。最后,我们分别找到CCAT2靶基因26个和LISNCT5靶基因40个,功能预测和富集分析提示CCAT2靶基因主要参与m RNA加工、RNA拼接、RNA稳定型调节、细胞质颗粒、RNA结合、Poly-A端结合、肿瘤中的微小RNA等过程;而LSINCT5靶基因主要参与m RNA加工、RNA拼接、细胞核斑浆、m RNA结合、Poly-A端结合、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,m TOR)信号通路和腺苷酸活化蛋白激酶(Adenosine monophosphate activated Protein Kinase,AMPK)信号通路等过程。靶基因蛋白互作网络分析找到CCAT2前三个关键基因SRSF1、SRSF9和ELAVL1;LSINCT前三个关键基因:SRSF1、SRSF9和PTBP1。结论:CCAT2和LINSCT5在乳腺癌血清中均表达上调,且可能成为一个乳腺癌诊断和预后监控的新标志物。它们的靶基因参与多个生物学过程,在乳腺癌发生发展中可能扮演重要角色,有利于我们进一步了解乳腺癌的潜在发病机制。关键靶基因可能在乳腺癌中与lnc RNA有一定的作用关系,为我们进一步研究乳腺癌lnc RNA提供了新靶点和方向。