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本研究以浙江省主要养殖的四个品系中华鳖(太湖品系、台湾品系、黄河品系和日本品系)为研究对象，通过对线粒体DNA部分序列进行PCR扩增并对产物进行测序，对测序结果进行比对分析，计算不同品系的遗传多样性参数以及系统发生关系，并筛选各个品系的特异性SNP位点，通过对这些特异性位点进行分类，用不同的SNP分型方法进行分型，以期达到准确鉴别中华鳖种质的目的。具体结果如下：(1)中华鳖遗传多样性和进化关系分析对不同品系中华鳖(每个品系各20只)的16S rRNA全长基因约1608bp左右的片段进行了测序比较分析，结果表明：遗传多样性由高到低依次为太湖品系(0.863)>台湾品系(0.484)>黄河品系(0.195)>日本品系(0.100)；共发现18种单倍型，不同品系之间间均无共享单倍型，表明通过线粒体鉴别不同品系中华鳖具有可行性；MP进化树和遗传距离分析均显示日本品系和黄河品系的亲缘关系较近，台湾品系和太湖品系的亲缘关系较近，分别聚为一支，推测最初引进日本的中华鳖可能起源于黄河流域。(2)不同品系中华鳖线粒体特异性SNP的筛选通过对不同品系中华鳖(每个品系15个个体)线粒体约14000bp的DNA片段进行测序对比筛选，共筛选出83个特异性SNP位点，包括太湖品系特异性位点18个，台湾品系特异性位点22个，黄河品系特异性位点24个，日本品系特异性位点19个，在这些特异性位点中有3个特异性限制酶切位点。(3) SNP分型和种质鉴定对筛选出的3个特异性限制酶位点用PCR-RFLP的方法进行分型，结果表明此方法可准确鉴本研究中的4个品系中华鳖。通过设计引物进行PCR扩增，对扩增产物(含特异性SNP位点)进行HRM分型，结果表明15对引物组合可用于分型鉴定，其中1对引物可用于鉴别太湖品系，2对引物可用于鉴别台湾品系，3对引物可用于鉴别黄河品系，1对引物可用于鉴别日本品系，3对引物可同时鉴别太湖品系和台湾品系，1对引物可同时鉴别黄河品系和日本品系，1对引物可同时鉴别太湖品系和黄河品系，3对引物可大致将四个品系分为两组。因此，通过SNP分型方法可有效鉴别不同品系中华鳖。此外，通过对每个品系各20个个体进行了盲测验证，验证结果与预期结果相一致，表明此方法用与不同品系中华鳖的种质鉴别有很高的可靠性。