工程项目的投资建设阶段，是资金和建设资源大量投入、实物工作量集中形成的过程。此阶段各参与者的行为，将对项目建成运营的效益产生实质性的影响。同时，相对于项目周期其他阶段，项目投资建设阶段更集中、更直接的受到诸多内外部因素的影响，故成为各参与方关注的焦点。诸多地方政府为加强对项目投资建设的促进引导，建立了“重点投资建设项目综合管理体系”，以期重点项目取得良好的投资效益和使用效果。如何保证管理体系组织合理、运行顺畅，实现良好的管理绩效，是管理者面临的问题。　　S区是当前重庆市重点城市开发和产业发展的一个区，于2002年建立“重点投资建设项目综合管理体系”。管理体系运行至今，对于重点项目的投资建设促进产生了积极的作用，也暴露出一些明显的问题，主要包括计划难以全面完成、组织构建不合理、人力资源配置不合理。本研究采取观察询问法、文献法、专家调查法、相关方问卷调查法、量化分析法、定量结合定性分析法、典型案例分析法等方法，综合运用社会主义市场经济下政府经济职能理论，循证管理分析、多目标决策、群决策等基本方法，对体系运行现状，以及2007年至2015年期间的运用情况包括管理绩效进行综合研究。对于管理体系中存在问题、问题的根本原因得出明确的研究结论;对解决问题的思路、实施方案、实施路径等，提出既有可操作性又有前瞻性的建议。其中部分建议已被从事管理工作的实践者采纳运用于实际工作，并取得直接显著的改进效果。关于问题本质的分析方法、结论及解决思路，也受到“重点投资建设项目综合管理体系”所在机构的管理者认同。　　此项研究，为“重点投资建设项目综合管理体系”的改进提供了合理建议，对于改进管理行为、实现更优的管理绩效具有现实的指导意义;同时对于各类机构尤其是政府部门其他经济工作管理职能尤其是计划职能的改进，具有一定的启示作用。