石蒜属(Lycoris Herb)为石蒜科(Amaryllidaceae)具鳞茎的多年生草本植物，主要分布于我国南方各省，东亚的韩国和日本有少量分布，我国长江以南地区可能是该属植物起源和分化的中心。杂交和多倍化被认为是该属植物可能的物种形成方式。由于频繁的杂交导致石蒜属内种间系统发育关系模糊，属内种的数量和一些种的分类地位尚有争议之处，据此本论文做了如下研究：　　（1）基于叶绿体DNA片段trns-trnfM序列分析的石蒜属内种间系统发育关系表明，石蒜属为一单系类群，系统树上亲缘关系近的类群聚为一支，杂交种与其可能的亲本聚在一个分支内。　　（2）trns-trnfM序列揭示的石蒜属种间关系与染色体分类的结果大体一致，主要表现在具有近端部着丝粒染色体的种与具有中部和端部着丝粒染色体的种各成一支，这与形态和染色体分类结果一致；不同之处在于具有中部、端部和近端部着丝粒三种类型的染色体的种分散在其它两支内，支持多倍体和非整倍体核型的种是杂交起源的假设。　　（3）揭示出了较清晰的石蒜属内种间系统发育关系，发现一些亚种和杂交种的分类地位需要重新考虑，同时也佐证了石蒜属杂交和多倍化的物种形成方式。　　（4）基于叶绿体DNA（cpDNA）片段rpl32-trnL、trnL-trnF和SSR分子标记对广布种石蒜（L.radiata）的亲缘地理学研究表明：中国华东地区（浙江、安徽、江苏）是中国石蒜的遗传遗传多样性中心，石蒜居群有着较高的遗传多样性水平。　　（5）石蒜的单倍型分布图和TCS网络状图分析表明中国华东地区（浙江、安徽、江苏）为中国石蒜的起源与分化中心；支持日本和韩国的石蒜居群起源于中国的推测。