随着计算机技术在化学中的广泛应用,各种计算化学应用软件、仪器设备及相关数据等资源的大量涌现使得化学研究愈来愈依靠网格技术。因此,借助当前计算机网格技术,建立计算化学网格平台,推进e-Science系统的建设,将在很大程度上促进计算化学乃至化学学科的发展。计算化学e-Science(简称为e-Chemistry)科研支撑平台设计目标就是建立一个基于现有网格标准的计算化学资源共享、学术研究与交流的虚拟平台。化学结构对化学家来说是最常用、最原始的语言,计算化学从化合物的结构出发探索化合物的物性,以寻求具有商业价值的化合物为己任。因此,e-Chemistry中分子的可视化是开展化学网格计算的基础,但是目前的分子可视化软件大部分都不适合在网格平台上使用。因此,本研究主要想开发一个能够为化学家提供一种简单、易用的并适合在网格环境下使用的分子可视化软件ChemMolViewer。本文从e-Chemistry中分子可视化的需求出发,开发了能综合显示各种化学文件的分子可视化工具ChemMolViewer。首先,通过对CDK(Chemistry Development Kit)的化学信息表示和图形显示机制以及JChemPanit的深入研究实现了二维化学结构的显示和编辑。其次,通过对生物大分子显示软件Jmol的集成来实现分子的三维显示。最后,通过对分析和表示生物序列的基础库Biojava的深入研究,实现了蛋白质序列的显示。