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水稻是重要的粮食作物,全球一半以上的人以大米为主食;同时水稻也是单子叶遗传研究的模式植物。而干旱是限制水稻高产的一个重要因素,如今,淡水资源不断减少和旱灾频频发生,水稻抗旱育种已成为当前研究热点,培育节水抗旱稻或提高水稻抗旱性,减少干旱造成产量损失,是水稻育种一项艰巨而长期的任务。水稻抗旱性具有复杂的机制,耐旱性是其机制之一,受微效多基因控制。本研究以珍汕97B/IRAT109的重组自交系(RILs)为研究材料,通过PEG-6000模拟干旱处理,进行苗期表型和生理生化指标鉴定,运用传统QTL定位方法和基于二代测序技术(NGS)及混合分离分析法(BSA)进行QTL定位两种研究方法,对水稻苗期耐旱基因位点进行发掘,主要研究结果如下:1.珍汕97B(ZS97B)和IRAT109苗期耐旱鉴定。在浓度为18%的PEG-6000胁迫条件下分别考察ZS97B、IRAT109苗高和根长。胁迫处理后,IRAT109的苗高和根长生长受到极显著抑制,而ZS97B在胁迫后根长生长不受抑制。生理生化指标检测结果表明:胁迫后过氧化氢酶(CAT)活性、过氧化氢(H2O2)与脯氨酸(Pro)含量在两材料中均存在极显著上升,但ZS97B中Pro含量的增幅更大;在正常和胁迫处理条件下,两材料叶片中总抗氧化能力(AOC)表现下降趋势,但均未达显著;ZS97B叶片中丙二醛(MDA)含量极显著上升,IRAT109叶片中H2O2含量显著下降,推测ZS97B的渗透调节能力优于IRAT109。2.ZS97B/IRAT109的RILs(F9)苗高、根长及叶卷曲QTL定位。通过对正常和PEG-6000(18%)胁迫处理条件下的苗高和根长调查,以LOD=2.5为阈值,采用198个SSR,分别在第1、2、3、4、5、7、10、11和12号染色体上定位到17个QTLs;在正常与胁迫条件下定位到的苗高QTLs分别是6个和4个,根长QTLs分别7个和4个。在正常和胁迫处理条件下,第7染色体上RM18-RM478区间重复定位到影响根长的q RL-7-2,贡献率分别为10.45%和10.89%。第1和5染色体的RM472-RM104和RM459-RM161区间重复定位到影响苗高的QTL(q PH-1和q PH-5-2),贡献率分别为34.31%和30.78%,17.61%和9.87%;其中,第1染色体的RM472-RM104区间在胁迫处理条件下还定位到影响根长的q RL-1-3,贡献率为9.08%。在第1和4染色体RM302-RM476B和RM261-RM471区间上定位到两个叶卷曲QTL(q LR-1和q LR-4),贡献率分别为10.74%和12.27%。3.ZS97B/IRAT109的RILs(F9)生理生化指标QTL定位。分别在第1、2、3、4、6、8、9、10、11和12染色体上定位到26个QTLs,在正常条件下定位到13个QTLs,其中,第6染色体RM508-RM435区间定位到影响总抗氧化能力(AOC)和H2O2含量的QTL(q AOC-6和q H2O2-6),贡献率分别为12.2%和7.90%。在胁迫条件下定位到16个QTLs。第10染色体RM216-RM311区间定位到影响AOC和H2O2含量的QTLs(q AOC-10和q H2O2-10),贡献率分别为14.14%和9.13%;第11染色体RM206-RM144区间上定位到H2O2和SP含量相关的QTL(q H2O2-11和q SP-11-2),贡献率分别为15.42%和16.02%;第12染色体RM463-RM235区间上定位到Pro和SP含量相关的QTL(q Pro-12和q SP-12),贡献率分别为64.25%和17.97%。此外,第1染色体上RM220-RM490区间上在正常条件下定位到影响CAT活性和可溶性蛋白(SP)含量的QTLs(q CAT-1-1和q SP-1-1),贡献率分别为11.22%和9.77%,在胁迫条件下定位到H2O2含量相关的QTL(q H2O2-1-1),贡献率为22.82%。4.ZS97B/IRAT109的RILs极端株系的QTL-seq。测序共获得大约320M reads,其中耐旱池和敏感池reads分别约为154M和166M。两池均约有92%的reads单一匹配到基因组,覆盖基因组约为98%,覆盖深度分别为29×和31×,共筛选出2535464个SNP。通过QTL-seq分析共得到15个区域,其中包含非同义突变SNP位点的基因共69个、同义突变SNP位点的基因共74个、移码突变的基因共14个。5.QTL连锁定位与QTL-seq定位结果的对比分析。将QTL-seq分析获得的差异显著区与连锁定位QTL区段进行对比,发现在第1、4、10三条染色体上的4个差异显著区位于定位的QTL区段内,涉及卷叶和Pro、T-SOD表型性状,4个显著区内包含的基因分别有16、14、1和4个,基因预测功能主要涉及抗病基因、表达蛋白相关基因、受体激酶基因,以及PPR重复蛋白基因。