当今,世界经济发展越来越呈现区域化特征,随着经济全球化程度的加深,国家间的竞争正逐渐演变成区域间的竞争。而在经济快速发展的同时,人类正面临严重的各种“生态问题”,可持续发展日益深入人心,被越来越多的国家作为一种社会发展战略付诸实施。在知识经济时代,知识和科学技术创新日益成为经济发展的决定性资源,区域创新已经不仅仅是区域产业结构升级的根本技术支撑,而且已成为区域经济增长的动力源泉和获取国际竞争优势的决定性因素。目前虽有较多对区域创新系统评价的相关研究,但与可持续发展理论相结合的不多；对区域创新系统评价的相关研究,一般都局限于对区域创新能力或者区域创新效率中的某一方面进行评价,将二者结合评价的还不多,而区域创新能力与效率是反映区域创新系统综合实力的两个维度,有必要将二者结合评价分析；在区域创新效率评价研究方面,目前一般将区域创新活动过程视为一个整体,未对区域创新效率的投入产出过程进行阶段分解,导致其投入产出内部结构评价不清晰并可能出现“高估”的问题,使区域创新效率的评价准确性不高。本文首先对可持续发展理论与区域创新理论进行详细研究,在此基础上分析了区域创新能力与效率是反映区域创新系统综合实力的两个维度,剖析了可持续发展理论与区域创新系统的关系以及将可持续发展理论与区域创新理论结合的必要性。在此基础上提出可持续发展的区域创新能力的定义与构成、可持续发展的区域创新效率的定义与阶段性分解,并据此分别对二者构建评价指标体系；分别选用因子分析法和DEA法对其进行评价,并对因子分析法与DEA方法的原理进行介绍,为后面的研究奠定理论基础。最后以全国(除西藏、新疆外)28个区域进行实证研究,分别运用因子分析法与DEA方法对可持续发展的区域创新能力与效率进行评价,并结合二者评价结果对可持续发展的区域创新综合实力进行分析,据此得出梯度排列,更清晰反映我国可持续发展的区域创新系统的发展情况,对区域创新综合实力的提升提出对策建议。