采用蛋白质组学技术筛选鼻咽癌细胞的甲基化基因

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鼻咽癌(NPC)是我国南方地区常见的一种恶性肿瘤,其发病机制还不清楚。DNA甲基化修饰是基因表达调控的重要表观遗传学机制之一,DNA甲基化修饰导致抑瘤基因等的沉默在癌变过程中发挥重要的作用。因此,筛选鼻咽癌的甲基化失活基因将有助于揭示鼻咽癌的发病机制,具有重要的理论和应用价值。本研究以高转移的鼻咽癌细胞系5-8F为对象,采用蛋白质组学技术筛选鼻咽癌细胞的甲基化失活基因。首先用MTT比色法和流式细胞仪分析确定去甲基化药物5-杂氮-2’-脱氧胞苷(5-aza-2-dC)处理5-8F细胞的最适浓度。然后应用双向凝胶电泳(2-DE)技术分离5-aza-2-dC处理与未处理5-8F细胞的蛋白质;利用PDQuest图像分析软件比较两者2-DE图谱的异同,识别差异表达的蛋白质点;应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)鉴定差异表达的蛋白质;采用Western blot和RT-PCR检测差异蛋白质nm23-H1的表达水平;再采用甲基化特异性PCR(MSP)检测5-8F细胞中nm23-H1基因的甲基化。主要结果如下:1.采用蛋白质组学技术建立了5-aza-2-dC处理与未处理鼻咽癌细胞株5-8F细胞蛋白质的2-DE图谱,识别了49个差异表达的蛋白质点,鉴定了33个差异表达的蛋白质,其中包括nm23-H1在内的15个蛋白质在5-aza-2-dC处理后表达上调,而18个蛋白质表达下调。15个5-aza-2-dC处理后表达上调的基因可能是5-8F细胞中的甲基化沉默基因。2.Western blot结果显示:在5-aza-2-dC处理5-8F细胞后,nm23-H1蛋白质的表达上调,这与蛋白质组学的研究结果一致。3.MSP结果显示,5-aza-2-dC处理5-8F细胞后,nm23-H1基因启动子甲基化水平降低,而非甲基化水平增加。RT-PCR结果显示,5-aza-2-dC处理后,nm23-H1基因mRNA的表达明显上调。结果说明,nm23-H1基因是5-8F细胞中的甲基化沉默基因。本研究首次采用蛋白质组学技术,从蛋白质组水平筛选鼻咽癌细胞的甲基化失活基因,鉴定了15个候选的鼻咽癌细胞的甲基化失活基因,证实鼻咽癌细胞的nm23-H1基因存在甲基化沉默,可能在鼻咽癌发病中具有重要作用。本文结果为研究鼻咽癌的甲基化失活基因提供了实验依据,为筛选与肿瘤发生发展相关的甲基化失活基因提供了新思路。
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