藏绵羊毛囊不同发育时期miRNAs表达变化研究

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在西藏,羊的饲养占有重要的位置,是西藏各地区农牧民生活中的生活资料和生产资料,2009年西藏牲畜总存栏3945万头(只),其中羊2552万只,为牲畜存栏总头数的64.7%(西藏统计年鉴,2010)。西藏是继内蒙古、新疆后我国绵羊饲养数最多的省区之一,绵羊存栏数位居我国第三。藏绵羊主要以生产羊毛和羊肉为主,羊毛生长直接影响羊毛细度、产量等重要经济性状,毛囊是调控羊毛生长的直接组织,毛囊发育分为生长期、衰退期和休止期三个时期,了解毛囊发育的分子机制是对羊毛品质进行改良的重要基础。MicroRNA (miRNA)为一类大小约22个核苷酸的非编码小分子RNA,它们能通过与靶mRNA的3’-UTR (untranslated region,非编码区)完全互补导致其降解,或不完全互补结合阻碍翻译。越来越多的证据表明miRNA在组织器官生长发育中起了重要的调节作用,然而,有关绵羊毛囊miRNA的研究报道较少。本研究利用高通量测序技术分别检测了藏绵羊处于生长期、衰退期和休止期三个时期的毛囊miRNA表达谱,通过生物信息学分析鉴定表达于毛囊的miRNA,并对miRNA-31、 miRNA-205及miRNA-184进行了验证和靶基囚的预测。取得的主要结果如下:1.通过对3个不同发育时期的毛囊进行miRNA测序,总共检测到406个miRNA,其中5个为已知miRNA,其余401个为绵羊基因组新发现miRNAs。在这401个miRNAs中,有320个与其他物种具有同源性,而其余86个为全新novel miRNA,研究结果进一步丰富了绵羊miRNA信息库。2.通过对绵羊毛囊表达的miRNA在基因组中的分布研究,发现绵羊11号染色体的毛囊miRNA表达数目最多,因此推断绵羊11号染色体对毛囊发育有重要作用。3.通过生物信息学分析,在3种毛囊中总计检测到102个时期间差异表达miRNAs,其中有44个miRNA为时期特异表达。3时期毛囊特异表达miRNA的数量分别为:生长期10个,衰退期27个,休止期7个。推断这些时期差异表达miRNA对毛囊生长周期具有重要调控作用。4.通过QPCR检测发现miRNA-31在绵羊毛囊的生长发育中存在差异表达,其中在生长期高表达,而在衰退期低表达,呈逐渐下降的趋势。同时预测了miRNA-31的靶基因,发现KRT17与miRNA-31存在潜在的靶位点。通过QPCR验证,发现KRT17在毛囊3时期的表达趋势与miRNA-31相反,推测KRT17为miRNA-31的靶基因之一。5.检测了miRNA-184及miRNA-205在毛囊3个发育时期及不同组织中的表达情况,进行了基因组定位及前体预测,并预测了可能的靶基因及调控的基因通路。结果发现miRNA-184的表达量从毛囊生长期到衰退期呈逐步上升的趋势而miRNA-205则表现为先上升后下降,其在衰退期毛囊表达量最高。两个microRNA在绵羊的多个组织中均有表达,两者的候选靶基因涉及15个基因通路,可能通过Wnt通路调控毛囊的生长周期。6.通过绵羊皮肤和耳的组织切片,发现藏羊胚胎期皮肤以初级毛囊为主,次级毛囊较少,而成年羊以次级毛囊为主,初级毛囊较少;西藏羊的三毛囊群仅占23%;毛囊密度方面,成年羊的毛囊比胚胎期的稀疏;S/P比例为2.55,从这些研究结果说明西藏羊属粗毛羊品种。
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