海洋自然保护区已成为养护海洋生境、保护海洋生物资源多样性的最有效方式之一，但随着沿海地区经济以较快的速度增长，海洋生态承受的压力越来越大，陆域污染物大量排海、围填海、海洋生物多样性较明显下降等问题严重损害海洋自然保护区生态功能。我国海洋自然保护区陷入这一困境最根本的原因是现行的法律法规体系不健全，无法为海洋自然保护区的管理提供强有力的制度保障。　　本文选择以海洋自然保护区立法和管理体制为切入点，试图为海洋自然保护区的保护打开思路。通过梳理我国海洋自然保护区建设历程以及法律制度建设历史发现，从80年代到现在，我国海洋自然保护区法律制度在体系建设及实践效果方面都取得了可喜的成果，但同时海洋自然保护区目前的保护状况又警示我们，现行的保护法及管理体制仍存在诸多漏洞和缺陷:从立法体系来看，高位阶的行政法规缺位，部门规章和政策性文件内部协调性差，从立法中所涉及的具体制度来看，资金保障制度不到位，公众参与机制欠缺，也没有相配套的生态补偿机制等。在管理体制方面，纵向上实行分级管理，横向上实行国家海洋、农业、渔业等分部门管理并存，这种按照国家机关体系对生态系统“分而治之”都是违反自然规律的。而这些弊端最终致使大部分与海洋自然保护区有关的法律法规在法律适用过程中效果不佳。　　改变我国海洋自然保护区的现状，必须从完善海洋自然保护区的法律制度入手，首先需要充分论证构建海洋自然保护区法律体系的必要性，寻求其理论出发点，为海洋自然保护区法律体系的健全提供坚实的理论支撑。其次根据我国海洋自然保护区的实际需要明确海洋自然保护区法律体系应秉承的立法理念和应确立的基本原则。最后提出具有针对性的完善建议。具体来说，需要制定高位阶的专门综合性立法，针对海洋自然保护区的特点，明确海洋保护区法的目的与指导思想，规定海洋自然保护区编制程序和基本要求。在具体制度构建方面将自然保护区资源开发利用许可制度应用到海洋自然保护区的管理中，利用RS与GIS技术获取海洋保护区利用变化情况，计算出相应年份的生态承载力，从而作出许可的决定。只要环境质量没有好转，各省市就不能对其进行使用许可，这一制度可以从源头上对海洋自然保护区加以保护。同时引进生态效益补偿基金制度。通过政府的财政支持、税收的形式等获取基金，这些获取的基金只能用于海洋自然保护区的管理、建设及对因自然保护区的划定而受到损失的补偿等。另外，通过设立听证会、公布海洋自然保护区管理状况、明确社区及居民参与保护区管理具体程序，建立稳定的沟通机制、鼓励自然保护区与周边社区实施共建等方式将公众参与纳入预案、过程、末端和行为四个参与机制环节中来。最后，再好的制度在实行的时候也需要在良好的管理体制下才能得以运行，要使我们的管理更有利于对海洋自然保护区生态系统的维护，专门管理是最佳的选择。