2018年2月，中共十九届三中全会审议通过《中共中央关于深化党和国家机构改革的决定》，提出改革国税地税征管体制，将省级和省级以下国税地税机构合并。2018年7月20日，全国县级税务机关挂牌成立。2018年10月，全国县级税务机关完成合署办公。2018年至今，国税地税机构合并工作已经初步完成，合并后的各级税务机关有序开展各项税收征管工作，形成了无缝衔接。从结果来看，国税地税机构合并有效地解决了分税制下税收征管方面的体制性问题，而两个原本独立运行的组织的合并融合，也产生了一些新的困境。精简机构的同时，带来了权责划分、人员安置等新问题，亟待进一步优化税务系统组织运行方式。
　　本文首先通过梳理国税地税机构合并旨在解决的遗留问题，结合《中国税务年鉴(2018年)》相关数据，分析当前全国县级税务机关在央地关系调整、人员安置、信息技术制约等方面面临的困境。其次，以西部地区S省X县为具体案例，综合运用数据分析法、问卷调查法和访谈法收集该局合并以来关于组织运行情况的内外部反馈，提炼出该局在达成组织目标、保持内生动力等方面的困局。最后，由X县税务局的个案研究演绎归纳影响全国县级税务机关组织运行效果的因素，并在加强顶层设计、明确双重领导权重划分等不同层面，对不同层级税务机关提出完善职业培养体系等配套政策、优化整合人力资源、优化系统内部流转的政策执行流程等可行性建议。
　　本文在研究县级税务机关组织运行困境与出路的过程中，始终密切联系税务系统在本次机构合并中采用的优化方式和方向，以“瘦身”(即精简机构)和“健身”(即提高效能)作为评价指标，以“事合、人合、心合、力合”为组织目标和优化方向，充实了国税地税机构合并研究领域内，基于合并后现状分析和效果评估的县级税务机关组织运行困境和出路研究。