DGAT1和DGAT2基因多态性与牛部分经济性状相关性的研究

来源 :西北农林科技大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:tiantanghao001
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本研究利用RACE 技术克隆了牛DGAT2基因3′-cDNA,用PCR技术克隆到DGAT2基因的3、5、6和7内含子。采用PCR-SSCP和PCR-RFLP方法研究了三个品种奶牛(中国西门塔尔牛、三河牛、中国荷斯坦牛)和三个品种黄牛(鲁西牛、晋南牛、秦川牛)及四个杂交肉牛(夏洛来×本地黄牛、安格斯×本地黄牛、利木赞×本地黄牛、西门塔尔×本地黄牛)群体DGAT1基因和DGAT2基因的多态性,并分析了基因多态性与牛部分经济性状的相关性。实验结果如下:1 牛DGAT2基因的克隆1) 在国内首次克隆到牛DGAT2基因3′-cDNA 933bp的序列,该序列1~857bp与人DGAT2基因mRNA序列363~1218bp的相似性为91%,与小鼠DGAT2基因mRNA序列557~1488bp的相似性为89%,与大鼠DGAT2基因mRNA序列556~1367bp的相似性为90%。2)引物PI3、PI5、PI6和PI7的扩增产物分别为483bp、721bp、1 008bp和2 132bp,将序列分别与扩增到cDNA的比对分析表明,DGAT2基因的内含子 3、5、6和7的序列长分别为365bp、568bp、802bp和1 945bp;牛DGAT2基因内含子5和人DGAT2基因内含子5全序列的相似性为37.6%;牛DGAT2基因内含子7和人DGAT2基因内含子7全序列中有两段序列165bp和154bp有较高的相似性,分别为78%和77%,但牛和人DGAT2基因的内含子3 和6之间没有序列相似性。2牛DGAT1基因外显子8多态位点的检测及与牛部分经济性状之间的相关性分析1) PCR-SSCP检测表明:在群体中DGAT1基因外显子8座位有两个等位基因,分别命名为等位基因K和等位基因B。测序结果表明:该座位的多态性是由于10433~10434位点的两个碱基GC突变为AA造成的。基因型KK在河北大厂县鲁西牛、晋南牛、秦川牛三个地方品种和利木赞×本地黄牛、西门塔尔×本地黄牛、夏洛来×本地黄牛和安格斯×本地黄牛四个杂交群体中的分布频率为0.75、0.39、0.38、0.32、0.09、0.15和<WP=9>0.11。等位基因K在三河牛、荷斯坦牛和中国西门塔尔牛三个奶牛群体中的分布频率为0.17、0.33和0.04。ⅹ2适合性检验结果显示:只有西门塔尔牛和大厂晋南牛群体在该基因座处于Hardy-Weinberg平衡状态(p>0.05)。2)利用最小二乘拟合线性模型,对DGAT1基因外显子 8 多态位点不同基因型与牛部分经济性状进行显著性检验,结果显示:该位点不同基因型对肉牛背膘厚度、肌内脂肪、大理石花纹和腔油等性状的影响均没有达到显著水平(p>0.05);年龄与基因型对背膘实际测定厚度和超声波测定厚度均有显著的互作效应,在25、30、36和42月龄,KK型和KA型背膘厚度的两种测定值均高于AA型(p<0.05),在25、36和42月龄时KK和KA型背膘实际测定值显著或极显著高于AA型(p<0.05或p<0.01)。3)不同的基因型的宰前活重、胴体重、屠宰率和日增重均存在显著差异(p<0.05),AA型和KA型个体均高于KK型。4) DGAT1基因第8外显子多态性与三河牛和荷斯坦牛两个品种奶牛的平均乳脂率相关,三河牛KK型和KA型平均乳脂率均值显著高于AA型(p<0.05),分别高0.8%和0.41%;KK型比KA型高0.39%;荷斯坦牛KK型的乳脂率均值显著高于AA型(p=0.012),KK型的平均乳脂率比AA型高0.27%。DGAT2基因多态性及其与肉牛屠宰性状和奶牛产奶性状的相关性分析 1)实验牛多态性检测表明: DGAT2基因第5、6和7外显子没有SSCP多态性;没有发现第5内含子存在EcoRI、 HindIII、 HaeIII、 MspI、 TaqI、PuvII、BamHI、HhaI、PstI、Hsp21和HpaII酶切多态性位点:没有发现牛DGAT2第6内含子存在EcoRI、 HindIII、 HaeIII和 PstI酶切多态性;没有检测到牛DGAT2第7内含子有EcoRI、 HindIII、 HaeIII、 MspI、 TaqI、BamHI、HhaI和HpaII酶切多态性;第7内含子有PuvII酶切多态性位点,但没有检测到另一种纯合子,而且杂合子的频率分布很低,为2%。 2) 在实验牛群体中均检测到DGAT2基因第6内含子有MspI酶切多态性,MspI酶切多态性位点位于655bp,由于碱基G与T的颠换,使等位基因B在该位点无MspI酶切位点;在该座位,只有鲁西牛等位基因A的分布频率高于等位基因B,荷斯坦牛等位基因A的分布频率最低,为0.25。大厂鲁西牛、晋南牛和三河牛均处于Hardy-Weinberg不平衡状态(p<0.05或 p<0.01),而秦川牛和荷斯坦牛处于Hardy-Weinberg平衡状态(p>0.05)。DGAT2基因第6内含子MspI酶切多态性对背膘厚度、大理石花纹等级、肌内脂肪和腔油四个与体脂有关的性状均没有明显的影响(p>0.05),但与屠宰率存在极显著的相关(p=0.000),AA型屠宰率均值明显高于AB和BB型。三河牛DGAT2基因第6内含子MspI酶切多态性与平均乳脂率和平均干物质含量有极显著或显著的相关性(p=0.005和p=0.047),AA型的平均乳脂率和平均干物质含量均高于BB型的均<WP=10>值。DGAT2基因第6内含子TaqI酶切多态性是因为413bp处碱基C-T的颠换造成的,等位基因B在实验牛中的分布频率很低,鲁西牛频率最高仅为0.29。纯合型AA型和杂合子AB型对鲁西牛背膘厚度等性状影响不显著(p>0.05)。 4)利用SSCP方法在PI3扩增产物序列(DGAT2基因第3内含子和部分外显子序列)检测到A、B、C、D、E和F 5个等位基因,共15个多态位点;鲁西牛该座位多态性高度丰富(PIC=0.51)。三河牛AA、AB和FF型与性状的相关
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