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猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)引起的一种以妊娠母猪繁殖障碍和仔猪呼吸系统疾病为特征的高死亡率的传染病。本病的流行给全球养猪行业带来巨大的经济损失,特别是我国2006年发生的高致病性PRRS,由于其变异程度较大,造成猪群大批量死亡,并使疫苗的研发工作受到巨大的挑战。PRRSV属于尼多病毒目,动脉炎病毒科,基因组全长约为15kb,含有9个开放阅读框(ORF)。本研究分别对2010年全国10个省1375份和2011年12个省1707份生猪屠宰场组织样品进行PRRS检测,其中阳性率分别为28.7%和16.75%。通过检测分析结果发现2011年样品阳性率比2010年有所下降,检测结果为阳性的样品大多数属于变异株PRRS。通过对我国部分省市的PRRS流行情况进行分析比对,了解PRRS在时空上的分布及感染情况,并通过分析PRRSV变异情况,初步掌握目前PRRS遗传变异特点及流行规律。本研究应用Mcar-145细胞分离得到15株PRRSV,对15株PRRSV进行电子显微镜观察、间接免疫荧光试验(IFA)和TCID50的测定进一步确定成功分离到PRRSV。依据NCBI所下载的标准序列设计一对引物,对ORF5全长进行扩增(603bp),分离株之间的核苷酸同源性为98.8～99.9%,核苷酸推导的氨基酸同源性为95.5%～99.5%。15株PRRSV分离株与美洲型的PRRSV同源性较高,可推断均属美洲型,其中.9株ORF5(151)氨基酸位点发生与HB-1相同的变异,即R151→K151,其余6株ORF5(151)氨基酸位点与JAX1相同,即ORF5(151)为R。系统进化树表明,15个分离株与HUB1和JXA1亲缘关系比较近,处于第四亚群,而BFLN3-2010、BFAH2-2011、BFSD1-2011与JXA1遗传距离相对较远。本研究对分离得到的BFLN2-2010进行全基因组序列测定,其基因组全长15320bp。BFLN2-2010分离株Nsp2基因全长为2850bp,编码950个氨基酸,Nsp2基因推导氨基酸出现两处核苷酸缺失,其中一处发生在Nsp2蛋白的482位处的单一缺失,另一处发生在533～561位之间29个氨基酸的连续缺失,总计30个氨基酸缺失,这与2006年以后分离的高致病性PRRS,如JXA1、HUB1等具有相似的核苷酸序列缺失特征。BFLN2-2010分离株与LV的同源性为61.4%,与VR-2332同源性为89.1%,表明BFLN2-2010分离株为美洲型毒株。全基因系统进化树表明,BFLN2-2010株与CH-la、VR-2332、BJ-4遗传距离较远,而与JAX1同属于第四亚群。