目前,新型农村合作医疗基金存在诸多风险,如新农合补偿方案设计的不合理,定点医疗机构医疗费用支出的不合理,新农合基金被挤占和挪用等。因此,加强新型农村合作医疗基金风险预警研究,对于防范和化解新农合基金风险,确保基金安全有效的运行,提高新农合基金管理水平等方面都具有现实意义。本文主要讨论新型农村合作医疗基金风险的防范问题,文章从征缴风险、支付风险、结存风险三个方面详细地论述了新型农村合作医疗基金运作过程中可能出现的风险。在此基础上,构建了新型农村合作医疗基金风险预警指标体系,然后应用预警的基本理论具体分析了现行新农合基金风险预警体系,并提出了新农合基金风险预警体系建立的基本思路,综合所有,针对现行新农合基金运行过程中出现的问题,提出了完善基金预警体系的合理建议。通过对新农合基金风险的详细分析,有利于从更深的层次、系统地对引发新农合基金风险的因素进行识别；新农合基金风险预警指标体系的建立把量化指标和非量化指标结合起来,对于新农合基金风险的监测预警有重要意义；新农合基金风险预警体系思路的提出,也为未来建立系统的基金风险预警系统提供了理论依据。