自主创新的重要性和紧迫性不言而喻,这对医药产业来说显得尤为突出。目前我国医药产业实现了高速增长,各地“药谷”大量涌现,但是在新药研发上与发达国家相比仍然存在明显的差距。政府主导的医药产业集聚是否有助于提升药品研发水平?企业能否通过集聚形成合作研发网络机制并最终实现自主创新?这些问题有待于进一步的深入研究。国内外学者围绕集聚效应已经做了大量而富有成效的研究,但其中的焦点是集聚与经济增长的关系,对于集聚是否具有创新效应的探讨尚不够充分,同样对于集聚与创新的影响机制的研究也始终存在较大分歧。医药产业不仅是关系到国计民生的战略性产业,而且其作为高技术产业在研发特性和创新模式等方面有别于其他行业,各地的医药开发区建设热潮所呈现的集聚式发展特征也为我们提供了合适的研究样本。然而,从目前来看,具体到医药产业探讨集聚与创新关系的研究明显较为匮乏。为此,本文围绕自主创新能力不足这一困扰我国医药产业发展的现实问题,从各地的产业集聚和企业之间的研发合作两个层面,实证分析产业集聚、合作研发网络与创新绩效的关系,以期为现有研究提供有益补充。在查阅和梳理相关理论和文献的基础上,本文围绕“医药产业集聚、合作研发网络与创新绩效三者之间存在何种关系”这一基本问题展开,具体细分为以下三个子问题:即集聚如何影响药品创新?医药企业的合作研发网络如何演化及其如何影响企业创新?集聚是否能够通过合作研发网络作用于医药企业创新?在确保数据可得性的基础上,分别选取开发区数据、药品注册申请数据和医药企业数据用于实证分析,通过逐步深入的三个子问题,依据特定的理论视角,对医药产业集聚、合作研发网络与创新绩效之间的关系与作用机制进行了深入分析与探讨。主要研究过程及结论如下:（1）在集聚对医药产业创新的影响研究方面,基于全国开发区目录构建了度量各地医药开发区集聚程度的指标,依据药品注册申请数据形成了反映整体创新水平和不同创新层次的指标。检验结果表明,我国的医药产业布局呈现出以开发区为载体的集聚式发展特征,医药开发区集聚从整体有助于创新绩效的提升,同时还存在着明显的空间关联性,但拥挤效应的存在削弱了医药开发区集聚的创新效应,对创新药的不利影响明显大于仿制药。具体而言,首先,开发区集聚正向影响药品创新,但其促进效应仅限于仿制药,而对创新药并无显著影响。其次,政府主导下的开发区集聚容易使开发区陷入重复建设、低端同质竞争,从而产生不利于创新的拥挤效应,并且拥挤效应对创新药的影响程度要远远高于仿制药,这一定程度上可以解释为什么开发区模式的集聚效应仅限于低水平创新,而非高水平的原创新药。最后,开发区集聚与医药产业创新的关系受空间溢出效应的影响,较近的地理空间距离、较为便利的交通基础设施条件以及区域间研发创新要素的动态流动都有利于知识的溢出,并促进创新绩效的提升。（2）在医药企业的合作研发网络演化及其创新效应的研究方面,通过构建医药创新主体之间的合作研发关系矩阵,采用社会网络法和实证分析方法进行了具体分析。结果表明:我国医药企业合作研发网络的规模在不断扩大,网络的影响力和联系密度在不断提高,合作研发网络对医药企业创新具有重要推动作用。具体而言,第一,在网络演化过程中,创新主体越来越丰富,大学和科研机构是网络中的关键要素,起到了主导与连接作用,越来越多的研发型企业从“边缘”转向“核心”位置,围绕“明星企业”的小团体明显增多;环渤海经济区和长三角经济区较早形成了医药创新的“两强”格局,之后“两强”的竞争优势稳步增强,同时珠三角地区、成渝经济区、中部地区也有“多点开花”的空间演化态势。第二,在合作研发网络与企业创新的关系方面,企业越靠近网络的中心位置,从其他节点获得信息和知识的能力也就越强,越有助于企业创新绩效的提升,企业合作伙伴的组织多样性和地理多样性深化了企业跨越地理和制度等空间的信息获取、分析和组合能力,也能够明显促进企业创新绩效。（3）在集聚影响医药企业创新的合作研发网络机制分析方面,基于医药企业的药品注册申请数据和城市层面的集聚数据,从企业是否在网络中、在网络中的位置以及在网络中的合作伙伴多样性三个方面,利用中介效应模型检验了集聚影响企业创新的合作研发网络机制。研究表明,医药企业的空间集聚显著促进了企业创新,并且集聚通过企业间合作研发网络的三种传导途径对创新产生了促进作用。首先,集聚通过提供互补性资源和面对面的交流机会增加了主体之间研发结网的概率,而一旦企业融入网络相当于与其他成员拥有了一个“共同身份”,可以有效促进知识转移和创造;其次,因集聚的地理临近优势所形成专业化的分工体系和信任关系有助于提升企业在网络中的位置,进而获得更高的技术权利;最后,集聚本身就如同一种无形的品牌优势可以提供企业更多超越地空间的合作机会,企业在网络中结交多样化的合作伙伴有助于建立技术认知桥梁,从而扩大认知距离。不仅如此,集聚通过合作研发网络进而影响创新的传导机制还存在着明显的区域异质性。本文系统分析了医药产业集聚、合作研发网络与创新绩效的关系,研究结果加深了对集聚与创新之间的关系以及内在影响机制的认识和理解。自主创新对于企业和产业发展的重要性不言而喻,政府主导下的医药开发区集聚对整体的药品创新具有促进作用,但是其促进作用较为有限,尤其在拥挤效应为主导的情况下,其对仿制药创新的促进效应会大大减弱,对新药创新的影响将不再显著。通过合作研发结网,企业不仅可以获得更多知识和技术资源,拓展自身的认知距离,还可以接触和了解潜在合作者的更多信息,减少研发风险,因此医药企业的合作研发网络是推动企业创新的重要方式。医药企业的空间集聚对企业创新起到了重要的推动作用,其内在的微观机制包括三个方面,即诱发企业的结网行为,推动企业在网络中占据关键位置,扩大企业在网络中的合作伙伴多样化。本文可能的研究贡献在于:首先,尝试结合跨学科知识,探索性地构建了地理空间与社会空间的整合范式,并从合作研发网络的视角探讨集聚影响企业创新的微观机制,为打开集聚与创新之间的“黑箱”提供了新的思路,丰富了二者之间内在机制方面的研究。其次,从集聚形成的主导因素出发,构建了考察政府主导型集聚的医药开发区集聚指数,结合行业特征,探索了不同于专利等传统指标之外能够反映整体创新水平和不同层次创新的药品创新指标。并考察了政府主导型集聚是否存在有利于创新的集聚效应和不利于创新的拥挤效应,为解释我国医药产业的自主创新能力不足问题提供了启示。再次,从网络整体和创新主体对医药企业的合作研发网络的特征进行刻画,从网络结构、网络主体和网络空间三个维度对医药企业的合作研发网络的时空演化进行分析,补充了现有研究对医药企业的合作研发网络的认识和了解。又次,从合作研发网络视角出发,通过构建中介效应模型考察了集聚通过影响企业研发结网、企业在网络中的位置、企业的合作伙伴多样性并作用于企业创新的微观机制,为解释集聚如何影响企业创新提供了新的经验证据。最后,基于以上研究结论,本文从如何挤出开发区集聚的拥挤效应、如何持续扩大并完善合作研发网络以及如何转变企业思维并实现创新突破给出了针对性的政策建议,对于实现医药产业的高质量发展具有一定的借鉴意义。