在我国司法实践中,凡是涉及死亡案件中死因认定的案件大都会引起公众的广泛关注。从历时41个月历经五次尸检的“黄静案”到羁押场所令人匪夷所思的“躲猫猫死”、“喝水死”、“做梦死”再到因死因不明成为社会舆论焦点的“雷洋案”,国家权力机关经过调查后得出的结论都引发了社会的激烈争论与质疑。虽然2012年修改后的刑事诉讼法为解决死因调查争议做出引入专家辅助制度、加强鉴定人出庭等良好的制度设计,但如果公安机关做出案件系正常死亡的结论,刑事诉讼未能启动,那么这些制度将无任何适用的余地,制度设计变得毫无价值。侦查机关在我国现行的死因调查程序中占据绝对的主导地位,使得死因调查制度成为刑事诉讼的附属。我国目前并不存在一套独立、完整的死因调查制度体系,法律规定较为分散,外加模糊的调查范围、单一的调查手段和封闭的调查过程,共同导致了逻辑上的悖论和结构上的失衡,使得所得出的死因结论往往备受质疑,司法公信力大打折扣。因而,我国现有的死因调查程序亟待革新。通过分析各国通行且具有代表性的死因调查制度可知,死因裁判制度具有独立性强、程序公正、社会参与度高、司法公信力强的优点。但死因裁判制度是在英美法系的背景下日趋完善的死因调查制度,并不符合我国职权主义的特点,完全引进死因裁判制度不能发挥死因调查应有的作用。因此,我国可借鉴死因裁判制度的独立式模式的构建原理并结合自身司法体制特点,建立死因调查制度体系,完善调查程序,使死因调查结论更加具有公信力。文章第一部分通过案例引出死因调查制度,介绍我国死因调查程序的现状,通过缺陷分析对我国现存的死因调查程序进行反思,并明确建立死因调查制度体系的必要性。第二部分是在比较法视野下通过对现存的死因调查制度进行分析,并进一步分析死因裁判制度、法医鉴定人制度和法医研究所制度的优劣。第三部分为我国死因调查制度体系的构建。包括死因调查机关的构建及性质定位、死因调查机关的结构组成、运行方式以及对于死因调查机关的权力制约与利害关系人的救济等方面。