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雉科(Phasianidae)属于鸟纲(Aves)鸡形目(Galliformes),是鸡形目中最大的科,包括了4族、44个属、168个种。中国分布有雉科21属49种,种类丰富,数量众多,拥有世界近1/3的种类,众多的种类中约1/3是我国的特产种,有超过50%的种类是国家重点保护野生动物。同时,鸡肉作为人们日常生活中的常见肉制品扮演着重要的角色。随着分子生物学的发展和分子生物学理论的应用,雉科各属及属内物种的系统发生研究取得了很大的进展,因此也对雉科的传统分类提出了挑战。目前,利用线粒体基因组(mtDNA)序列建立物种间系统发育关系已经成为发展趋势。本研究以雉科鸟类为实验材料,测定了8属11个种14个样本的线粒体基因组序列,详细分析了序列信息,并结合公共资源数据库GenBank中的相关数据构建了雉科鸟类的系统发育关系,得出了以下结果:(1)实验样品mtDNA全长介于16,678-16,787bp之间,最长的为红原鸡,最短的为红腹锦鸡,均包括13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和一个D-Loop区,共线性分析显示37个基因排列顺序一致,没有基因重排现象发生。碱基A的含量为29.7%-30.8%,C的含量为30.1%-32.5%,G的含量为13.3%-14.1%,T的含量为23.7%-25.7%。AT含量为54.0%-56.5%,AT含量相对较高。(2)mtDNA包含的13个蛋白质编码基因,最短的为ATP8,长度约为165bp,最长的为ND5,长度约为1800bp。除COX1以GTG为起始密码子外其余均以ATG为起始密码子,终止密码子则为TAA、T、AGG、TAG、A。在蛋白质编码基因氨基酸组成中,亮氨酸(Leu)的含量最高,为17.0%-17.5%。而半胱氨酸(Cys)的含量最低,仅为0.7%-0.8%。(3)mtDNA中包含的22个tRNA基因,除火鸡属的火鸡(Z47)和马鸡属的褐马鸡(Z44)、蓝马鸡(Z45)和白马鸡(Z46)的tRNA-Ser1 D颈较短,其他样品的tRNA-Ser1 D颈缺失外,其余的tRNA均可以折叠形成三叶草结构。mtDNA中的12S rRNA和16S rRNA两个rRNA基因之间均被tRNA-Ser隔开,12S rRNA和16S rRNA的基因长度范围分别为965-979bp和1605-1625bp,AT含量为53.3%-56.1%。(4)mtDNA D-Loop区长度为1146-1232bp,最长的为红原鸡,最短的则为雉鸡,均位于tRNA-Glu和tRNA-Phe之间,AT含量为58.2%-60.4%。(5)结合GenBank雉科鸟类mtDNA基因组数据,以齿鹑科的鳞斑翎鹑和山齿鹑为外类群建立雉科24个属ML和BI系统发育树,结果显示二者一致的拓扑结构,均很好地支持属的单系性,石鹑属Ptilopachus(I)位于雉科系统发育树的基部,与雉科其他属形成姊妹类群(ML和BI支持率分别100%和1.0);第二簇(Ⅱ)包括鹌鹑属Coturnix、雪鸡属Tetraogallus、石鸡属Alectoris(ML和BI支持率分别100%和1.0);第三簇(Ⅲ)包括孔雀雉属Polyplectron、红头鹧鸪属Haematortyx(ML和BI支持率分别100%和1.0);第四簇(Ⅳ)包括鹧鸪属Francolinus、原鸡属Francolinus、大眼斑雉属Bambusicola、以及孔雀属Pavo(ML和BI支持率分别100%和1.0);第五簇(Ⅴ)包括血雉属Ithaginis、虹雉属Lophophorus、雉鹑属Tetraophasis、角雉属Tragopan、火鸡属Meleagris、锦鸡属Chrysolophus、雉属Phasianus、鹇属Lophura、马鸡属Crossoptilon、长尾雉属Syrmaticus、山鹑属Perdix、以及勺鸡属Pucrasia(ML和BI支持率分别92%和0.9962);第六簇(Ⅵ)包括山鹧鸪属Arborophila和锈红林鹧鸪属Caloperdix(ML和BI支持率分别为100%和1.0)。Z52(贵妃鸡)是属于雉科的物种,但其分类地位不明确,本研究通过对线粒体基因组以及系统发育关系分析,明确了其归属,应为原鸡属原鸡。综上所述,本文测定了8属11个种14个样本的线粒体基因组全序列,详细分析了序列信息并进行了对比。同时,结合公共资源数据库中的数据构建了雉科的系统发育树,进一步明确了雉科的系统发育关系。