环境会计发展到了今天，虽然在理论研究和实际应用中都有了阶段性的成果，但是要建立成熟完善的环境会计理论体系并将其成功运用于实务，还有许多问题有待解决。由于环境会计理论与方法体系的不完善，尤其是缺乏科学的定量方法及切实可行的指标体系使得需用货币计量、披露的环境资产与负债、环境成本与收益等信息缺乏可操作性的方法。传统的会计理论认为会计确认与计量应当遵循一定的标准。这些标准是对会计确认与计量行为的基本约束，各项标准都适用于一切确认与计量事项的判断。作为会计学的一个分支，环境会计不可避免也面临着确认与计量的问题，而目前环境会计理论研究的难点正是：在将环境资源入账的过程中，应该遵循怎样的确认与计量标准?由于会计确认与计量的标准是从会计信息质量特征推导出来的，它有助于形成会计报表各种要素的定义，用以解决编制会计报表的各种问题。因此上述问题可以分解为以下几个问题：既环境资源有如何的特征?这些特征如何影响到环境会计的确认与计量?如何解决这种影响及具体措施是什么?本文从环境资源的自然与经济特性入手，分析其难以确认与计量的经济学原因，提出用排污收费与排污权交易两种方式解决环境资源外部性造成的市场失灵问题，给会计确认与计量提供制度平台。然后通过对比得出结论，排污权交易制度无论从保护环境、治理污染的效果还是提高会计确认与计量的科学性与可靠性角度讲都优于我国长期实行的排污收费制度。并随后介绍了排污权交易具体运作中的若干问题，同时文章中指出，排污权交易制度在我国的实施仍然存在环境与技术上的困境，如要大面积推广尚有许多问题需要解决。