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山核桃属(Carya Nutt.)植物是重要的木本油料作物,其果实是世界性著名干果,经济价值大,对提高山区农民收入有着重要意义。山核桃油味清香,营养丰富,薄壳山核桃坚果个大、壳薄、出仁率高、易于机械剥壳取仁,通过杂交能将山核桃和薄壳山核桃的优良性状整合到一起,得到表型、质量都优于亲本的杂交子代。研究山核桃×薄壳山核桃授粉子代分子标记,为良种选育提供新的理论基础,对山核桃改良具有重要的理论和实际意义。本文通过套袋授粉,构建了山核桃×薄壳山核桃F1代授粉群体,并利用AFLP和SSR对其进行遗传变异分析。实验结果表明:(1)山核桃×薄壳山核桃授粉果实性状与对照间存在显著性差异,控制授粉对果实表型的影响很大,且山核桃×薄壳山核桃授粉果实在单果重、果长、果径、果形指数、壳厚、壳重、仁重上都优于自然授粉果实。(2)改良CTAB法适宜提取山核桃×薄壳山核桃授粉子代基因组DNA,浓度和纯度均满足PCR及酶切的需要。(3)一步法中酶切6h和酶切过夜及两步法中酶切2h对AFLP选择性扩增的影响是一样的,但二步法较繁琐,一般采用一步法酶切6h或过夜反应;酶切连接产物稀释倍数和预扩产物稀释倍数对AFLP选择性扩增的影响不大。(4)山核桃×薄壳山核桃授粉子代的SSR最佳反应体系为1×PCR Buffer,Taq聚合酶2.0U, dNTP 0.20 mmol·L-1,引物0.13μmol·L-1, Mg2+ 1.5 mmol·L-1,模板DNA600ng,加ddH2O至30μl。(5)10对AFLP引物分析试验结果表明:在同一对引物中,母本与子代、子代与子代间都无差异条带,父本和母本、子代间有差异条带。(6)19对SSR引物分析试验结果表明:在同一对引物中,母本与子代、子代与子代间都无差异条带, 4对引物父本和母本、子代间有差异条带,9对引物父本和母本、子代间没有差异条带。