创新是经济发展的第一动力,创新驱动已成为许多国家谋求竞争优势的核心战略,是未来国际经济竞争的基础。站在新的历史起点上,国际竞争格局的变化及科技强国战略迫切要求中国全力推进基础研究,加强基于科学的创新。当前,我国研发实力有了很大的提升,但关键核心技术对外依存度高的现象仍然突出,对国外成功经验进行总结发现,这一现象主要是由于对基础研究的重视程度不够,企业作为创新主体的作用没有充分发挥出来。此外,科学对于企业发展的意义随着科技和经济社会的不断发展显得更加突出,如何进一步提升企业基于科学的创新效率至关重要。生物医药企业是典型的基于科学的企业,随着我国人口老龄化程度的不断加深,生物医药的市场需求也在不断扩大,基于此,本文对生物医药上市企业基于科学的创新效率及影响因素进行分析,为提升其基于科学的创新效率提供解决思路。本文首先根据生物医药上市企业基于科学的创新特点,将生物医药上市企业基于科学的创新过程划分为知识创新及成果转化两个阶段,在文献梳理的基础上,构建了生物医药上市企业基于科学的创新的两阶段DEA-Malmquist指数模型,运用DEAP2.1软件对数据进行处理,从动态及静态两个方面对其基于科学的创新效率进行分析。此外,本文还从时序变动、是否有科学家参与创建及经营主体三个视角对生物医药上市企业基于科学的创新效率进行了进一步的分析。在此基础上,本文从政府、企业及外部环境三个层面对影响生物医药上市企业基于科学的创新效率的因素进行梳理,结合数据特点,构建了Tobit面板模型,运用Stata14.1软件进行回归分析并提出相应的对策建议。结论与建议:（1）生物医药上市企业基于科学的创新效率有所提升,但仍有较大的改进空间;（2）生物医药上市企业的基础研究效率亟待加强;（3）科学家参与有利于生物医药上市企业研发效率的提升;（4）国企综合表现优于民营企业。（5）子系统创新效率的影响因素有所差异。提出了加强政策引导,制定更加合理的财税政策、加强产学研合作平台建设、加强研发投入力度、营造良好的融资环境、优化股权结构、重视基础研究,加强科研队伍建设六点建议。