对高等院校进行预算绩效评价，不仅是顺应国家宏观政策需求，也是提升高等院校预算管理水平的重要举措，具有一定理论意义和现实意义。通过现状来看，我国高校的预算绩效评价仍处于探索阶段，在许多方面还有待完善，尤其是缺乏科学的评价体系，需要进行深入研究。
　　本文重点对高校预算绩效进行评价。首先，采用平衡计分卡原理与战略地图思维，根据笔者实际走访调查，建立起高校预算绩效评价的指标体系，并且以科研项目为例，从财务、社会、内部控制以及学习与成长维度对高校预算绩效方面进行评价。其次，运用系统分析方法，对各个指标的权重进行分析，确定权重值，并且对权重进行一致性检查，确定其合理性和有效性。并且笔者重点通过对A高校预算绩效数据的使用，以科研项目的工作量作为评价体系的指标数值，利用建立的项目绩效评价模型进行绩效评价，并提出其存在的问题及其成因，给出了相应的解决对策。
　　本文的创新之处在于，提出了基于平衡记分卡和战略地图理论的高校预算绩效评价指标体系。在深入分析现有科研项目绩效评价管理的基础上，通过对专家咨询访谈的方式提出了新的科研项目绩效考评的指标体系，运用系统分析法确定了各指标的权重。同时将该绩效评价模型应用到实际单位，通过对A高校一些典型科研项目使用该绩效评价体系的计算，发现了存在的问题，提出了对策和建议。