指挥自动化系统是集各类信息为一体的复杂电子信息系统。随着多媒体技术在指挥自动化系统中的广泛使用，对系统中各种类型的多媒体信息的安全保障的要求变得极为迫切。通过加密和数字水印等技术实现多媒体信息的安全传输是满足该要求的关键技术手段，同时也是当前多媒体安全领域研究的热点和难点问题。本文对军用文书、语音、视频等多媒体信息的安全传输进行了深入研究，取得的主要研究成果如下：(1)提出了一种具有内容保护和完整性认证的军用文书的多级分发方法。为了同时实现权限控制和分级安全，设计了并给出了基于密钥管理中心的密钥分发和递推算法；为了实现完整性认证，设计了基于混沌神经网络单向Hash函数的数字签名算法。(2)提出了一种可实现加密和内容认证的语音安全传输新方案及其算法。在语音加密部分，给出了基于混沌Cat映射的块密码算法；在语音认证部分，给出了基于指数比例量化的小波域音频水印算法；并采用DSP技术设计并实现了该语音安全传输方案。(3)提出了面向H.263、可实现加密和内容认证的视频安全传输方案及其算法。在该方案中，研究了基于改进DEW的视频认证算法和基于混沌键控的视频加密算法，并给出了一种结合纠错编码的信道加密算法。(4)提出了一种加密和水印并行的多媒体安全传输方案及其算法。研究了多媒体选择加密的重要参数选择策略；并基于流密码和量化索引调制水印嵌入算法，设计了用于MPEG2的加密和水印并行的安全传输方案。最后，论文分析了本文研究中还存在的问题，并指出了值得进一步研究的方向。