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体细胞核移植技术常被用作转基因平台生产转基因动物，在所有克隆物种里，牛的克隆妊娠成功率最高，但也不超过自然妊娠或人工授精成功率10%。已有研究证实胎盘发育异常是导致克隆动物妊娠成功率低的一个主要原因，因此探明克隆牛胎盘发育异常机理的研究就显得尤为重要，通过分析其表达谱可获得全面的基因表达信息，可为解决克隆牛胎盘异常发育提供分子理论基础。本研究以两组相同处理的转基因克隆牛胎盘和一组自然妊娠牛胎盘为研究对象，通过二代测序技术对三组材料进行了转录组测序（RNA-Seq），得到的结果通过了RPKM列标准化处理和功能聚类分析（GO和KEGG Pathway），结果显示上调差异表达基因主要与细胞粘附、胞外基质功能相关，下调差异表达基因主要与免疫活动有关。这提示本研究所使用的转基因克隆牛出现了异常，功能细胞迁移受阻，使母胎对话不通畅，影响胎儿正常发育。另外，下调基因与免疫相关提示本研究，转基因克隆牛胎盘较正常牛胎盘免疫力低下，很可能遭受病原体感染。由于RNA-Seq分析差异表达基因时没有内部参照，可能出现假阳性错误，因此本研究通过定量PCR验证，根据定量结果和测序结果的一致性判断测序结果的准确程度。但是对全部差异表达基因都进行定量PCR检测是不现实的，所以需要人为筛选。本研究以信号通路结果为主线，参考GO结果和基因网络互作关系，并考虑个别特殊基因，筛选了30个基因进行定量验证。验证结果显示，超过80%的关键基因在定量结果和测序结果中保持一致，说明本次测序准确度非常好。同时，本研究设计的引物补充了牛的定量引物数据信息，可为后续研究的学者提供方便。另外，GAPDH基因由于其表达量非常稳定，常被用作内参基因以获得其他基因的相对表达量，进行组内或组件比较。但本研究无论从测序还是定量验证，均说明实验组的GAPDH表达量发生了显著改变，不适合作为定量PCR检测的内参基因。