猪链球菌2型1358hk组氨酸激酶抑制剂筛选

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细菌双组份调控系统(Two-component regulatory system, TCS)是细菌感应外界复杂环境,维持自身存活和生长繁衍的重要感应和调控系统。1358hk/rr双组份调控系统是猪链球菌2型(S.suis2, SS2)15对TCS其中一对,在其它细菌中也普遍存在。通过序列比对发现,猪链球菌2型1358hk/rr与肺炎链球VicK/R同源性较高,氨基酸序列一致性81%。目前研究发现,在肺炎链球菌中将VicK组氨酸激酶基因缺失后,发现它的生长、生物膜的形成、细菌链的增长减慢及毒力降低,因此,认为其对肺炎链球的生长是必需的。我们通过大量的工作筛选1358hk/rr TCS的基因缺失突变株,但一直没有获得突变株,推测1358hk/rr也可能影响猪链球2型的生长或存活。目前,已有针对肺炎链球菌及表皮葡萄球菌的组氨酸激酶YycG进行同源模建,然后在化合物库中筛选有效的抑制剂的文章,而国内外还没对猪链球菌2型的研究报道。因此,我们想通过对猪链球菌2型的组氨酸激酶1358(1358hk)进行同源模建后,虚拟筛选出针对该靶点的能抑制猪链球菌2型生长的先导抑制剂。主要研究内容如下:1.猪链球菌2型组氨酸激酶(1358hk)的同源模建和分析在运用同源模建的的方法构建1358蛋白的三维结构的基础上,用Procheck软件对此结构模型的可靠性进行验证,结果显示猪链球菌2型组氨酸激酶1358与PDB编号为3DGE的Thermotoga maritima X晶体衍射结构(分辨率2.8 ?)具有31%的一致性;模建后的1358结构能与模板很好的叠合;结果显示:模建的猪链球菌2型组氨酸激酶1358达到了要求,该模型可以用于分子对接,进而进行抑制剂先导化合物的筛选。2.猪链球菌2型组氨酸激酶(1358hk)先导抑制剂的虚拟筛选我们通过采用FlexX对SPECS小分子数据库初步的筛选,评分较高的化合物得到选择;再采用Xscore程序进行打分,获得一定数量的化合物;接下来得到108个化合物是通过类药性分析筛选;最后采用FlexX及经验进行人工挑选。通过在化合物数据库中进行四次不同的筛选,我们最终从SPECS数据库中得到了40个小分子化合物,并通过购买进行试验。3.猪链球菌2型组氨酸激酶(1358hk)功能域片段(1358’)的克隆、表达、纯化及活性鉴定猪链球菌2型组氨酸激酶1358是一个跨膜蛋白,因此我们通过截短其胞内的HATPase c激酶功能域片段(1358’)进行表达。通过PCR扩增猪链球菌2型1358跟ATP结合的那一部分DNA序列,本实验的重组质粒是通过pET28a载体构建。重组质粒转入表达菌株BL21后,通过加入IPTG诱导表达4h,破碎并用SDS-PAGE鉴定表达的目的蛋白,纯化的1358’蛋白采用荧光激酶检测试剂盒检测的酶活性。最后我们得到1358’大约为35kDa的目的蛋白,纯化的目的蛋白能与ATP反应。4.先导化合物的抑酶试验通过建立酶动力学分析,初步对在SPECS小分子化合物库中对接虚拟筛选并购买获得的40个化合物,利用激酶试剂盒进行初步筛选,得到每个化合物抑制激酶蛋白分解ATP的抑制率;结果显示化合物1在化合物浓度在500μM/L的抑制率达到66%,化合物浓度降到100μM/L的抑制率为50%,但没有抑制猪链球菌2型生长的效果。其它的化合物抑制率相对化合物1较低,有些化合物在降低浓度后抑制率反而上升,说明这几种化合物在DMSO中的溶解度不是很好。从而得出我们筛选的化合物在较低浓度条件下能抑制1358’酶蛋白活性,为进一步筛选出抗菌的新型药物提供实验依据。
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