由于耕地保护的成本与收益不一致，导致耕地利用者和经营者对耕地的投资不断降低，耕地质量不断下降，耕地粗放型利用和撂荒现象比较严重，耕地非农化潜在驱动力也因此产生；与此同时，使得耕地保护重点区由于用途管制而丧失税收等收入，从而降低了当地政府、农户等对耕地保护的积极性。在当前高速城镇化的背景下，以“公平”和“效率”为出发点，以“吃饭”、“建设”和“生态”相协调为目的，对耕地保护的理论和应用进行研究，对耕地保护补偿机制进行构建，对提高耕地保护主体的积极性具有十分重要的现实意义。论文以河南省为例，逐步探讨了耕地保护执行情况、耕地保护补偿面积和受偿面积的测算、耕地与其他土地利用类型的协调、耕地保护补偿标准的测算、耕地保护主体行为分析、耕地保护补偿机制构建等内容，重点建立了耕地保护主体行为的博弈模型，初步形成了耕地保护补偿机制的路径。研究的主要内容如下：（1）界定了耕地保护补偿机制的内涵，从耕地保护的责任、权利、利益出发，由中央政府和未承担任耕地保护任务的地区及个人对因为承担耕地保护任务而造成损失的地区及个人进行补偿，补偿的方式是通过中央政府进行财政转移支付，通过经济补偿提高耕地保护地区耕地保护者的收益，进而达到激励耕地生产者保护耕地，校正耕地保护领域经济利益的分配关系的目标。（2）耕地保护面积的确定以供需平衡为依据，测算了耕地保护的赤字/盈余面积。以我国重要的粮食主产区和国家粮食战略工程核心区的河南省为例，进行耕地保护补偿面积和受偿面积测算，根据河南省各地市耕地盈余/赤字状况的测算结果，河南省各地市可以分为两类地区：一类地区是耕地保护责任目标较高的经济不发达地区或粮食主产区，是耕地生态社会效益输出方，即为受偿区域，包括开封、焦作、鹤壁、漯河、安阳、许昌、商丘、濮阳、新乡、南阳、信阳、周口和驻马店等13个地市；另一类地区是耕地保护责任目标较低的经济发达地区，是耕地生态社会效益的输入方，即为补偿区域，包括郑州、三门峡、平顶山、洛阳和济源等5个地市。（3）基于外部性内部化原理及土地发展权原理对耕地保护补偿标准进行了研究，并以周口市为例，综合应用当量因子法、影子价格法、成本收益法、指标替代等多种方法测度耕地外部性价值，据此得到了耕地保护补偿理论标准，并通过社会可承受性修正得到了耕地保护补偿现实标准，将耕地的医疗保障价值、养老保障价值、保障国家粮食安全价值和生态价值纳入耕地补偿体系，周口市耕地保护补偿标准为17959元/hm2a（1197元/亩a）；应用建设用地价格剥离法，计算出基于土地发展权的耕地价值，进而计算出耕地保护的补偿标准14716元/hm2（a981元/亩a）。（4）以中央政府、地方政府和农民为耕地保护的主体，运用博弈的方法对耕地保护主体的目标和行为方式进行分析，并在此基础上对耕地保护补偿机制的构建路径进行理论探讨，得出中央政府和地方政府耕地保护行动一致性的可能性和可以利用机制对农民消极保护耕地的行为进行纠正与规范的结论。为保护和提高作为耕地保护主体的地方政府及农户的积极性，应建立耕地保护补偿机制，对耕地外部性的直接产生者和过多承担耕地保护任务、提供外部效应的地区给予补偿。（5）采用参与式农户调查与评估方法（PRA）在周口市三县区调查了262个农户，了解主要受偿者（主要是农户）的意愿，分析了农户对耕地的多功能性认知、农户耕地保护受偿意愿、耕地保护补偿方式、农户对耕地保护政策的响应，为相应的激励性保护政策、耕地补偿机制的构建提供了依据。