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由于马氏珠母贝产卵量高，在育苗过程中常常使用少数量亲本进行苗种培育，较低的有效亲本数量（或者有效群体大小）会增加群体的近交和遗传漂变的程度，降低群体的遗传多样性，影响育种效果。因此，控制好适当的有效亲本数量，是成功开展遗传育种工作的重要前提，利用分子标记分析群体的遗传结构，估计养殖群体有效亲本的数量，能够为育种工作及时进行评估。本研究利用SSR标记调查了马氏珠母贝不同群体（野生与养殖群体）与不同生长阶段选系的遗传结构，估计了群体的近交率与有效亲本数量，并比较研究了近交家系遗传结构的变化，主要结果如下：1、野生与养殖群体有效亲本数量估计实验群体分别为大亚湾野生群体、北部湾涠洲岛野生群体与3个养殖群体，分别从这5个群体取样48、24、48、48与48个个体，利用8对SSR引物分析了群体的遗传结构、近交率并估算了群体有效亲本数量。结果显示：1）8个SSR标记在5个群体中检测到22-29个等位基因，平均每个位点检测到2.750-3.625个等位基因，每个位点等位基因数在2到5之间；2）5个群体的平均期望杂合度为0.3387-0.5025，平均观察杂合度为0.2917-0.4219；3）运用同胞重建的方法，估算这5个群体的有效亲本数量分别为：11、15、16、19和20，近交系数ΔF分别为：0.045、0.033、0.031、0.026和0.025，五个群体的有效亲本数量较少，近交系数高。2、不同生长阶段选系有效亲本数量估计亲本来源于从大亚湾收集的野生群体，选取50个亲本（雌、雄亲本数量分别为30个与20个），解剖性腺，人工授精。按照常规技术幼体培育与海区养殖。在D型幼虫期、附着变态期与稚贝期取样，利用10对SSR标记分析选系遗传结构，估计有效亲本数量。结果表明，3个生长阶段，每位点的平均等位基因数分别为3.75、3.8和3.6，平均观察杂合度分别为0.3242、0.5135和0.3719；有效亲本数量的估计分别为38、28和30，三个发育阶段估算的有效亲本数量均比实际所用到的亲本数量少，并且附着变态期和稚贝期的有效亲本数量相较于D型幼虫期而言有了显著的降低；近交系数ΔF分别为0.013、0.018和0.017，附着变态期和稚贝期的近交系数相较D型幼虫期而言增加了0.5%和0.4%。3、近交家系遗传结构比较以两个全同胞家系个体（A和B）为亲本，按照因子设计构建如下四个家系，1号家系：A♀×A♂；2号家系：A♀×B♂；3号家系：B♀×A♂；4号家系：B♀×B♂，使用13个SSR标记比较了4个家系的遗传结构。结果表明4个家系的平均观察杂合度分别为0.5064、0.5609、0.5692和0.5064，近交家系遗传多样性低于杂交家系，发生了一定的近交衰退；并且发现在1号和4号近交家系中各有1对标记可作为该近交家系的标志位点。