为选择合适的分析手段,本研究以披碱草属部分物种为研究材料,对ISSR 和SSR 的标记效率进行了比较研究。在此基础上,为研究Elymus dahuricus complex 物种在我国境内的遗传多样性状况,以ISSR 和SSR 标记对该种群内的4 个种进行了分析。最后,为了研究披碱草属植物模式种——E.sibiricus 的遗传分化模式及在我国境内的遗传多样性分布状况,以SSR 标记分析对该种的40 个自然居群进行了分析研究。主要结果如下: (1)ISSR 和SSR 标记在披碱草属植物研究中标记效率比较研究中,两种标记均表现出较高多态性,基于两种标记的种间聚类状况与物种的倍性水平和形态学相似程度存在较高一致性。在12 个种间,ISSR 标记表现出更高的标记效率,SSR 标记则更适于近亲缘物种分析。两种标记的相关性在12 个种间表现为显著(r= 0.856,t= 6.446),在近亲缘水平表现不显著(r= 0.679,t= 1.595)。两种标记的标记效率和相关性在不同亲缘水平的改变,说明不同的标记各自具有不同的多态性有效检测范围。(2)利用ISSR 和SSR 标记分析了我国境内4 个E.dahuricus complex物种共39 个居群的遗传多样性。结果显示,中国境内的E.dahuricus complex 物种具有较高的遗传多样性。UPGMA 系统聚类具有明显的地域特性。其中,青海省东沿及周边地区可能为E.dahuricus complex 物种在我国境内发生显著分化的地理分界线。种间关系分析发现,4 个E.dahuricus complex 物种间分化程度较低。其中E.excelsus 相对独立;E.dahuricus 和E.tangutorm 之间存在一定程度的分化;E.cylindricus 介于E.dahuricus 和E.tangutorm 之间,为E.dahuricus complex 物种在分类中应该注意的问题。(3)6 个E.sibiricus 居群的SSR 分析表明,在居群内和居群间均存在较为丰富的SSR 位点变异。居群内单株分析显示,SSR 位点以杂和状态出现的极低频率,表明E.sibiricus 为较严格自花授粉植物。另外发现,遗传变异主要存在于居群间,符合自花授粉植物的遗传分化模式。我国境内E.sibiricus 主要分布区的40 个居群研究表明,居群间分化具有明显的地域特性,其中青藏高原地区为E.sibiricus 分化状况较为复杂的地区。