为进一步掌握细粒棘球蚴病在新疆阿勒泰、昌吉、伊犁和喀什四个地区(州)牛羊中的流行状况,明确流行株的遗传差异性,本研究通过PCR扩增细粒棘球绦虫线粒体基因组cox1基因片段和nad5基因片段,然后对扩增产物进行测序和基因多态性分析,旨在获取相应遗传学差异信息。对新疆阿勒泰、昌吉、伊犁和喀什四地区(州)的部分牛羊屠宰场进行细粒棘球蚴病流行病学调查,筛查了352头牛和5202只绵羊,共采集4头牛和116只绵羊的疑似感染包囊样本,其中1头牛和35只绵羊可分离原头蚴,喀什绵羊的感染强度最高,最多1只绵羊采集的包囊样本可达到32个包囊。用长度为1649bp的线粒体基因组cox1基因片段对来自3头牛和96只绵羊的156个包囊样本获得PCR扩增。对目的片段进行聚类分析发现,这些包囊样本均为细粒棘球绦虫G1基因型(Echinococcus granulosus G1),共有53个不同的单倍型,同源性为99.7%～100%;发现57个位点核苷酸发生碱基置换,约占分析位点总数的3.46%,序列间差异值在0%～0.3%之间;分离株核苷酸序列所有突变中只存在转换和颠换,没有缺失或插入,并且转换数明显多于颠换数,其中有52个碱基转换位点,3个碱基颠换位点,2个位点发生碱基转换和颠换。用长度为680bp的线粒体基因组nad5基因部分片段对来自3头牛和86只绵羊的129包囊样本获得PCR扩增。对目的片段进行聚类分析,得到了与cox1基因一致的结果,确定均为G1基因型,共有24个不同的单倍型,同源性为99.56%～99.85%;发现24个位点核苷酸发生碱基置换,约占分析位点总数的3.53%,序列间差异值在0%～0.44%之间;分离株核苷酸序列所有突变中只存在碱基转换,未发生颠换、缺失或插入。对该调查采集的疑似包囊样本,经PCR扩增cox1和nad5基因,3头牛和97只绵羊鉴定为感染细粒棘球蚴病,其中昌吉的感染率最高,约为3.69%;其次是喀什,感染率为1.85%;再次是伊犁,感染率为1.46%;感染率最低的是阿勒泰,约为0.68%。对感染部位进行统计发现肝脏感染率比肺脏高,肝脏感染率为1.06%,肺脏感染率为0.74%。本研究揭示单个宿主可以感染多个单倍型,同时表明同一宿主可感染不同的虫株。本研究明确了新疆阿勒泰、昌吉、伊犁和喀什四地区(州)细粒棘球蚴的基因型,掌握了这些地区细粒棘球蚴病的分子流行病学资料,为制定有效的防控措施提供科学依据。