水是生命之源，是整个国民经济建设的命脉。随着经济的快速发展，社会对水资源的开发需求越来越旺盛，无限度地挖掘水资源的潜力和不合理地使用水资源，造成了大量的污染，破坏了生态环境。流域是属于水资源的自然特性的单元，流域水资源是一个完整的系统，所以本文用流域的视角来研究流域水污染的规制问题。在我国流域水污染中跨行政区划的流域污染是当前水危机中最严重的问题之一。长期流域水污染治理并没有让流域整体水质有大的改观，随着各行政区划经济发展对水资源依赖性的增加，跨行政区划的流域水污染问题反而日益激化，突发事件频出，这让环保部门处于被严厉问责的尴尬状态，社会公众因自身利益被动受损而处于“用水担忧”的状态。流域水污染是一种跨行政区划的外部性，外部性的问题的解决不能单纯地靠环境污染治理技术或者控制模型来解决，需要从造成外部性原因的社会政治和经济因素出发，对流域水污染的内在原因和现行的规制方案进行考察和分析，从而在尊重客观存在的各类制度禀赋的约束下去完善流域水污染规制中的规制原则、改革流域水污染规制结构和创新流域水污染规制工具，实现流域水污染规制效率的提高。本文从考察我国流域水污染基本状况出发，利用2001-2010年省级面板数据建立“最优污染规模”模型来对其的规制现状进行了的实证研究，探究流域水污染的影响因素。实证研究表明：省级政府对本区域的污染有显著影响，地理区位会影响省级政府的规制效率，因为上游地区规制强度低，所以有通过“搭便车”将污染转嫁给下游地区的倾向。随后，本文试图运用制度经济学、规制经济学、管理学、外部性理论和博弈论等相关理论来解析目前严重的流域水污染问题。以经济学中外部性理论和管理学中的科层制理论来分析流域水污染中规制主体内部的外部关系是如何形成、规制主体的外部效益是如何产生，规制客体内部的外部关系是如何形成，规制客体之间外部效益是如何产生。用博弈论工具来分析流域水污染中规制主体之间、规制客体之间、规制主体和规制客体之间是怎样根据现有政策来进行策略选择从而形成博弈后的稳定结果来解释流域水污染总是处于规制困境的原因。接着，本文研究了西方发达国家流域水污染的规制经验。流域水污染是一个世界性的问题，很多西方发达国家在工业发展历程中经历了严重的流域水污染问题，在治理过程中他们积累了大量政府规制污染的成功经验，借鉴其中符合我国现实的有益经验，可以缩短我国流域水污染规制探索的过程，节省规制成本，提高规制效益。美国、德国和日本都是在流域水污染中有着成功规制经验的国家，本文简明研究了三国的规制法律体系、规制结构、规制工具和规制改革，汲取他们成功的规制思路和规制模式为我国流域水污染规制提出相应的建议。最后，本文根据上述的分析提出了我国流域水污染规制改革的建议。从外部性理论的角度出发提出将外部关系和外部效益内部化的建议，提出实行垂直管理、建立绿色GDP核算考核指标，实行环境问责制来内部化规制主体的外部关系和外部效益；通过科层型协调机制、市场型协调机制、府际治理协调机制三种途径来实现府际间横向协调来消除地方政府间外部效益；通过界定权责、重塑组织结构来内部化职能部门的外部关系；通过企业自我规制来消除用水企业和用水个人之间的外部效益。通过从管理学角度而言，提出要吸取传统科层制的“价值理性”、西方现代科层制的“法理性”和后科层制的“善治”目标来构建适合我国规制结构依托的公共行政体制。从法经济学和制度经济学角度而言，提出要完善法律体系保障规制原则的实现。从行政学的角度，提出在环保部门实行“垂直”管理试点，并推行“大环保部”的建立，设立流域水环境委员会和流域法院。