西瓜是一种世界性的园艺作物,在我国农村经济中占有重要地位。但目前市场上西瓜品种混乱,育种材料亲缘关系过分单一的问题,造成育种工作很难取得突破。为解决西瓜遗传育种领域资源狭窄,杂种优势不强,掌握西瓜育种材料亲缘关系与遗传距离,本研究搜集了96份不同生态类型西瓜种质,采用形态学标记和SSR标记技术,分别从西瓜品种资源的形态特性及遗传物质的特异性两方面研究供试96份西瓜材料的遗传多样性,结果表明:1.采用形态学标记,芳香气的变异程度最大,其变异系数达到了1.29。96份材料小区产量的变异系数为0.36,俄罗斯生态型产量最高,平均为72.66kg;华南生态型材料产量最低,平均为61.24kg。2.根据21个植物学性状在96份西瓜品种的分析数值,计算出不同个体间的遗传距离。96份种质间平均遗传距离为1.37±0.41,其中景丰宝与丰收2号的遗传距离最小(为0.04);野生种与喜X8遗传距离最大(为3.7)。3.从398对引物组合中筛选出38对扩增条带清晰、多态性高的引物组合分析供试材料,共得到7043条清晰可辨条带。其中多态性条带826条,多态性条带百分率为11.7%。平均每对引物对96份品种扩增出185.34条带,其中21.74条具有多态性。4.由分子标记结果可知,96份材料间的相似系数为0.42～0.99。野生西瓜与栽培西瓜的亲缘关系较远。在栽培品种内华北型、华南型和西北型西瓜的亲缘关系较近。5. 38对SSR引物将96份西瓜种质资源按生态型来源分为七个类群。