财政资助科技项目是政府实施公共财政的一种重要方式,是政府弥补科技市场失灵的重要体现,也是政府推动科技创新、提升科技竞争力的重要举措。财政资助科技项目中知识产权的归属问题是财政资助科技项目中的核心问题。美国《拜杜法案》对财政资助科技项目中知识产权归属权作了明确规定,除涉及国家利益外,由承担单位享有,国家保留必要的介入权。我国在《科技进步法》中借鉴了这一先进经验。在财政资助科技项目中存在着政府、承担单位、和发明人三方主体,合理分配各方利益才能发挥好财政资助科技项目的作用。发明人享有署名权、获得奖酬权、科技成果转化权和优先受让权等。近年来,知识产权权益纠纷事件不断发生,基于知识产权纠纷的保密性和专业性特点,行政调解是处理这一纠纷的良好渠道。TLO模式是知识产权转化中最普遍的模式,我国也存在只是没有发挥其应有的作用。财政资助科技项目中知识产权转化率低原因有三个,一是法律规范不完善,二是知识产权转化市场发育不成熟,三是知识产权转化中的国有资产流失。其中最主要的原因是将技术类无形资产纳入到国有资产的管理范围,从而导致高校拥有财政资助科技项目中知识产权的目的落空,政府依旧是财政资助科技项目中知识产权的主人。如果采取日本大学法人化改革的路径来化解这一难题在中国是不现实的。较为合理的路径是在有关法律中将技术类无形资产予以单独管理,减少公权力的干预,让高校真正拥有所有权,同时,其他问题相应地也就不攻自破。