污染物排放总量控制制度是一项重要的污染防治法律制度，是减少环境污染的“总闸门”。理论上，污染物排放总量控制制度在实现污染控制目标、改善环境质量方面是必然有效的。但实践中，其并没有得到有效的实施，自然没有真的产生应用的效果。在我国，水污染防治法、大气污染防治法、海洋环境保护法以及其他的一些立法文献等虽普遍设立了污染物排放总量控制制度，但污染物排放总量控制并没有真正的形成制度，还停留在宣言、愿望层面，缺乏一系列保障其有效运行的具体制度措施办法。如没有确定污染物排放总量的具体办法、没有排放总量统计的具体办法、没有排放量初始分配的具体办法、没有监测是否超出排污许可证的具体办法、没有建立排放监督管理制度，致使排污单位超过排放许可量也不会遭到惩罚、超许可排放也没有具体的处理办法、基于行政区划的污染物排放总量控制制度的实施也存在局限性。上述这些问题的存在影响了污染物排放总量控制制度在实现污染控制目标方面预期效果的发挥，最终致使环境质量得不到根本改善，环境问题依旧不断增加，环境污染事件仍是频发。基于此，为实现污染的控制目标和有效改善环境质量。本文分四章对此制度进行探讨。提出摒弃全国性的总量控制目标确定后再层层分解的模式，采取流域性、海域性、区域性等基于环境单位的污染物排放总量控制模式。重点构建保障污染物排放总量控制制度有效落实的纳污总量测算制度、排放量统计制度、排放量初始分配制度、排污配额交易制度、排放监督制度、超量排放责任制度六项重要具体制度，最后提出推进污染物排放总量控制制度有效落实的对策，主要包括完善和创设必要的法律文件，以及污染物排放总量控制制度与环境影响评价制度、清洁生产机制和循环经济中的主要制度的协调与配合，以期解决阻碍污染物排放总量控制制度难以行之有效化的制约因素。