【摘 要】
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马氏珠母贝（Pinctada fucata martensii）是海水珍珠的主要育珠贝之一,探究其贝壳生长调控机制对于马氏珠母贝育种和人工育珠具有重要意义。研究发现转录因子PmRunt参与马氏珠母贝贝壳矿化的调控,但其调控机制并不清楚。此外,在PmRunt上游发现一个长链非编码RNA LncRunt对PmRunt具有潜在的顺式调控作用。因此本论文利用马氏珠母贝全基因组重测序（whole genom
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马氏珠母贝（Pinctada fucata martensii）是海水珍珠的主要育珠贝之一,探究其贝壳生长调控机制对于马氏珠母贝育种和人工育珠具有重要意义。研究发现转录因子PmRunt参与马氏珠母贝贝壳矿化的调控,但其调控机制并不清楚。此外,在PmRunt上游发现一个长链非编码RNA LncRunt对PmRunt具有潜在的顺式调控作用。因此本论文利用马氏珠母贝全基因组重测序（whole genome sequencing,WGS）数据对PmRunt和LncRunt基因与贝壳生长性状进行关联分析。通过DAP-seq测序结合RNA-seq筛选PmRunt调控的靶基因和通路;并对LncRunt的功能和对PmRunt的顺式调控关系进行分析研究,从而解析了PmRunt和LncRunt调控马氏珠母贝贝壳生长的机制。具体结果如下:（1）PmRunt、LncRunt SNP位点与马氏珠母贝贝壳生长性状关联性分析PmRunt有30个Block,其中14个Block中不同单倍型之间生长性状存在显著性差异。LncRunt有6个Block,其中5个Block中不同单倍型之间生长性状存在显著性差异。LncRunt不同单倍型间PmRunt的表达及生长性状存在显著性差异。（2）PmRunt调控马氏珠母贝贝壳生长的分子机制DAP-seq通过GO富集分析发现PmRunt主要参与生长发育、繁殖等生理活动,KEGG主要富集到代谢、m TOR、MAPK、Wnt、Hippo信号通路。与RNA-seq的关联分析得到789个候选基因,通过KEGG富集发现主要涉及代谢、蛋白加工等过程。RNA-seq结合SMPs蛋白库分析,发现31个SMPs差异基因。31个SMPs差异基因结合DAP-seq分析,发现7个表达水平发生显着变化SMPs基因,包括serine and glycinde-rich matrix protein、chitin synthase等。这表明PmRunt可能通过影响马氏珠母贝体内的代谢、蛋白质合成过程、基质蛋白的合成等对贝壳的矿化过程进行调节。验证了PmRunt对BMP2和SGRP的负调控作用。（3）LncRunt对PmRunt的顺式调控功能分析通过克隆获得LncRunt的全长,其不具有编码大分子蛋白质的能力。LncRunt与PmRunt在外套膜的表达量呈正相关。通过RNAi实验发现,LncRunt在马氏珠母贝套膜区、中央膜区的表达减少会导致新形成的珍珠层出现紊乱现象。LncRunt与PmRunt基因启动子区域互作激活其转录。以上结果说明,LncRunt可以正调控PmRunt的表达。
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