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DNA条形码(DNA barcoding)技术是分子生物学技术在分子鉴定领域的最新发展,即通过利用标准的、具有足够变异的、易扩增且相对较短的DNA片段来鉴别物种内的特异性和种间的多样性,同时对物种进行快速、准确的识别和鉴定,是近年来生物分类和鉴定的研究热点。本研究主要探讨将DNA条形码技术用于菖蒲属药用植物的分析,对石菖蒲及其同属易混品(水菖蒲、金钱蒲、金边菖蒲、茴香菖蒲等)鉴别的可行性,建立分子鉴定石菖蒲的PCR方法,进一步利用DNA条形码技术探讨菖蒲属的种属归属问题,为修订完善石菖蒲的质量标准奠定了基础。主要研究结果如下：一、对收集到的菖蒲属样本经初步的生药学鉴定确定为石菖蒲及其同属易混品(水菖蒲、金钱蒲、金边菖蒲、茴香菖蒲等)。二、对已进行生药学鉴定的样本进行了DNA条形码研究。1.菖蒲属最佳适应DNA条形码序列的筛选对菖蒲属的4条候选DNA条形码序列ITS2、psbA-trnH、matK、 rbcL进行扩增及测序,对其进行数据处理分析,研究其种内种间变异程度和鉴定能力等,研究表明ITS2序列对菖蒲属的鉴定能力为最佳的为DNA条形码序列。2.石菖蒲的特异性PCR鉴别通过引物设计软件设计了专用于石菖蒲与水菖蒲鉴定的特异性PCR引物：ScpuJbie Upper和ScpuJbie Lower,并进行最适退火温度的筛选,实验结果表明,当退火温度为72℃时,该特异性PCR可以有效的区分石菖蒲和水菖蒲。三、基于DNA条形码对菖蒲属基原问题的探讨对菖蒲属在种属的归属问题上,在菖蒲属ITS2序列的研究基础上,结合Genbank数据库中相应的条形码序列进行比对分析,提出菖蒲属与天南星科植物的异同性,为菖蒲属基原物种的确定提供分子依据,支持Flora of China中将单独分出成为独立一种的观点,为菖蒲属单独分科提供分子依据。