在我国经济体制转轨过程的大背景下，股权激励制度作为一种使管理者获得公司股权，以股东的身份积极参与公司治理的一种激励方法，受到了众多上市公司的青睐，但由于我国市场的复杂性和各行业间的差异性，使得股权激励对公司治理的效果变得极为复杂，因此研究不同行业股权激励公司治理效应将具有重要意义。为此，本文以高新技术产业为研究对象，制造业为对比研究对象，选取2006~2012年两种行业上市公司面板数据进行实证分析，来研究高新技术行业股权激励的公司治理效应。从盈余管理和公司业绩角度出发，以CEO股权和期权占总薪酬的比例衡量股权激励程度，资产收益率衡量公司业绩。首先，对股权激励的相关理论和文献进行了总结和梳理；其次，阐述了盈余管理的内涵，确定了本文所采用的盈余计量方法；然后，分行业分析了高新技术产业和制造业公司盈余管理与公司治理的关系，提出了基本假设，确定了回归模型和变量；最后，详细比较了两种行业股权激励与公司治理的差异，采用实证检验的方法分析了股权激励与公司业绩相关关系。结果表明：CEO持有股权和期权与盈余管理负相关，在提出或通过股权激励方案后，负相关关系减弱，且高新技术产业较制造业减弱得更加明显，即股权激励将对公司治理带来负面的效果。因此，各行业必须深化内部体制改革，把握各行业特点，完善激励制度，适当调整行权条件，不断优化公司内部治理结构和外部监管力度，将股权激励制度的优势充分发挥出来，以达到改善公司治理的效果。