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目的: 针对大鼠急性创伤性肢体深静脉血栓模型中的股静脉血管,应用Affymetrix基因芯片技术,进一步研究其在血栓形成、演化的六个关键时相点中纤溶、抗纤系统的基因表达变化,针对纤溶、抗纤系统明显表达变化的t-PA,PAI-1基因应用实时荧光定量RT-PCR技术进行检测,为临床预测、诊断深静脉血栓提供新的试验依据。 方法: 1.详见王兵博士论文《大鼠急性创伤性深静脉血栓模型建立及股静脉基因表达研究》:试验动物分为7组,每组20只,正常对照组(A组)和创伤即刻组(B组)、血栓形成前期组(C组)、血栓形成高峰期组(D组)、血栓消退期组(E组)、血栓不消退组(F组)和血栓不形成组(G组)。抽提各试验组股静脉血管组织的总RNA,按照Affymetrix RAT 230A表达谱芯片操作流程完成芯片检测。应用Microarray Suite5.0软件读取、处理数据,初步分析、归纳、总结凝血、纤溶、炎症、免疫系统相关基因的表达变化。 2.针对纤溶、抗纤系统,在NCBI数据库、CNKI数据库中进一步寻找相关基因,与Affymetrix RAT 230A芯片检测各试验组所得数据相结合,应用Rat Genome U34 Set大鼠基因表达分析芯片U34系列,UniGene数据库(build 34,GeneBank107/dbEST11/18/98,GeneBank110补充)做Cluster图,全面分析、归纳、总结纤溶—抗纤系统相关基因表达变化,选择纤溶、抗纤系统变化明显基因,在Cluster图中寻找与该基因共表达基因,应用BLAST软件在NCBI BLASTdatabase数据库,寻找共表达基因的同源基因,以对共表达基因进行功能注释。从数据库、生物信息学方面,进一步总结纤溶、抗纤系统基因表达变化,寻求未知基因功能。 3.针对纤溶系统明显变化基因t-PA,PAI-1,采用Oligo6.69软件设计RT-PCR